中心堅持邊建設邊研發，形成了較強的研發能力，已研制出了具有我國自主知識產權的生物芯片設計、加工和檢測成套技術，開發出了壹系列可供研究、診斷和藥物開發等領域應用的生物芯片，取得了壹批高水平的創新成果。截至目前，中心已累計申請專利122項，獲得專利授權90項；取得計算機軟件著作權9項；發表論文92篇，其中72篇被SCI收錄。科技成果獲得國家技術發明獎二等獎1項，北京市科學與技術獎2項，另有5項科技成果通過部級鑒定。從2000年至今中心已成功舉辦4屆國際生物芯片技術大會，為中國在國際生物芯片領域奠定了壹席之地。
在中心主任程京、金奇、王升啟、於軍、邢婉麗、周玉祥和張亮等領導組成的管理團隊的帶領下，中心已基本建成了集技術創新、成果轉化、綜合服務、人才培養於壹體，具有國際先進水平的生物芯片研究、開發和產業化基地，已形成年產各類生物芯片配套儀器300多臺和年產各類微陣列芯片100多萬片的生產能力。中心已有數十項成果進入國內外生物醫藥市場，建立起了包括基因、蛋白質、細胞和組織“四位壹體”的系統化生物芯片技術服務平臺，研制開發出了具有自主知識產權和較強國際競爭力的系列產品，其中多種芯片產品屬國際首創。中心已經培養出站博士後3名、博士畢業生22名、碩士畢業生30名，中心現有在讀博士生22名、碩士生8名、工程碩士生8名。
中心致力於以生物芯片為平臺的醫學系統生物學研究與開發，先後承擔並完成了國家863重大專項課題“生物芯片的研究與開發”以及“973”、“985”、國家自然科學基金等重大課題和攻關項目，在生物芯片的若幹關鍵技術領域取得了壹批具有自主知識產權的原創性技術成果。中心自主研發的生物芯片相關產品與服務包括各類生物芯片、生命科學儀器、軟件與數據庫、生物材料與試劑、對外技術服務等五大類***60余項，已陸續投放市場並遠銷歐美等二十多個國家，為科學研究、生物安全檢測、藥物開發和臨床診斷等諸多應用領域提供了“全新的高通量技術平臺和整體解決方案”。
2007年9月29日，國家發展改革委在北京市主持召開了生物芯片北京國家工程研究中心（以下簡稱中心）項目竣工驗收會議。驗收委員會由國家發展改革委張曉強副主任擔任主任，北京市吉林常務副市長、中國工程院鄔賀銓副院長、總後勤部衛生部陳新年副部長、沈倍奮院士擔任副主任，相關領域的專家和有關部門的負責同誌***20人組成。按照《國家工程研究中心管理辦法》（國家發展改革委第52號令）和原國家計委對生物芯片北京國家工程研究中心項目可研報告的批復要求，驗收委員會在聽取項目建設總結報告、北京市發展改革委的初步驗收意見，審閱了相關文件並進行了實地考察，經過認真審議和充分討論，認為：中心驗收資料齊全，建設投資使用合理，內部管理完善，運行情況良好，研究開發、成果轉化與產業化能力處於國內領先和國際先進水平，已完成了國家下達的建設目標和任務。中心已逐步發展成為我國生物芯片產業中集技術創新、成果轉化、技術服務與推廣、復合型人才培養等於壹體的重要基地，已成為推動我國生物芯片產業創新發展的重要力量。驗收委員會壹致同意通過竣工驗收，並建議相關部委和北京市各級部門繼續支持生物芯片北京國家工程研究中心的發展。
伴隨我國生物芯片行業的快速發展，為了充分發揮生產、管理、科研等各方面專家在各個行業、產業、企業、組織、機構的標準化工作中的作用，廣泛開展生物芯片領域的標準化工作，進壹步規範生物芯片產業的管理，促進這壹新興產業的有序發展，2008年10月23日，根據國家標準化管理委員會的批復和相關要求，全國生物芯片標準化技術委員會成立大會及第壹次全體會議在京召開。國家標準化委員會、國家發展和改革委員會、教育部、科技部、衛生部、國家質檢總局、清華大學、北京出入境檢驗檢疫局的領導和技術委員會全體委員出席了會議。
生物芯片標準化技術委員會是經國務院標準化主管部門批準成立, 由國務院標準化主管部門領導，國家質檢總局負責業務指導，北京出入境檢驗檢疫局作為承擔單位、生物芯片北京國家工程研究中心作為秘書處單位負責日常管理。第壹屆全國生物芯片標準化技術委員會由40名委員組成，生物芯片北京國家工程研究中心主任程京為主任委員，吳永寧、陸祖宏、周宏灝、康熙雄任副主任委員，生物芯片北京國家工程研究中心常務副主任邢婉麗任委員兼秘書長。全國生物芯片標準化技術委員會的主要任務是按照國家有關方針政策提出生物芯片專業標準化工作的方針、政策和技術措施的建議，負責全國生物芯片標準化的技術歸口工作，負責生物芯片的基礎、相關產品及檢測方法領域的國家標準制修訂工作。將按照《全國專業標準化技術委員會章程》及國家標準委有關規定進行管理。中心以市場為導向，在中國成功地探索出了壹條“中心+公司”的企業化運行模式，具備了持續的技術創新能力和成果轉化能力，走上了良性循環的發展軌道。