1998年，英國蘇格蘭研究所的Arpad Pusztiai 教授用轉基因馬鈴薯餵老鼠，1998年秋在電視上宣布大鼠食用後，引起器官生長異常，體重和器官重量減輕，免疫系統受損。此事引起國際轟動。這是對轉基因食品提出的最早的，有所科學證據的質疑，並在英國及全世界引發了關於轉基因食品安全性的大討論。雖然，英國皇家學會於1999年5月宣布此項研究“充滿漏洞”，從中不能得出轉基因馬鈴薯有生物健康的結論。
1998年3月，美國專利和商標局批準了壹項由美國農業部和DPL（Delta and Pine Land)公司聯合的所謂“終結者”技術（terminator technology）專利，“終結者”技術獲得專利後引起國際的強烈反響。因為該技術不是壹般性技術，利用這個技術可以使作物第壹年種植獲得的種子不育，在第二年種植時，種子會自動死亡。“終結者”技術是將壹種終止子基因插入到作物基因組中得到轉基因作物種子，種子公司在種子出售前，在種子表面噴上壹種誘導劑，農民播種後，種子可以長成正常的植株，結出成熟的種子。但是在誘導劑的作用下，插入的終止子基因會在種子成熟時激活啟動，產生毒素殺死種子胚胎，因此收獲的種子在第二年再種植不能正常發芽，但這種種子在油脂、蛋白質等方面完全正常。
美國農業部發言人聲稱，“終結者”技術是為了保護基因工程技術的知識產權。1998年10月，國際農業研究磋商小組（CGIAR）在華盛頓召開會議，明確提出禁止“終結者”技術，理由主要有：外觀上不能辨認終結者技術生產的種子，易造成不可彌補的損失；通過花粉非故意造成生物安全風險。
1999年5月，康奈爾大學壹個研究組報告，壹個斑蝶食用了轉蘇雲金桿菌的殺蟲蛋白基因（bt）玉米花粉後44%死亡，表明GMF可能存在安全隱患。此事引起科學家對GMF的廣泛爭論。Bt玉米中的殺蟲晶體蛋白CryLA是特異毒殺鱗翹目害蟲，斑蝶屬於鱗翹目昆蟲，自然會受到bt蛋白的影響。事實上，Science、Nature拒絕發斑蝶的文章，審稿人認為，這並不反映田間的情況，最後在Nature上以簡訊的形式報道。但該事件卻成為《紐約時報》、《華爾街日報》、《今日美國》等報刊的頭版消息。最後，該事件被科學界否定。
2001年7月9日聯合國開發計劃署承認，GMF可能會破壞生態平衡，它們可能把自身的基因傳遞給相關物種，產生超級雜草，也可能會對其他植物或動物產生意想不到的有害影響。有關GMF和GMC的潛在危險和安全性的許多問題，有待於進壹步研究才能下結論。因此，對GMC和GMF的種植於化要慎重，否則可能對人體健康和生態造成不可估量的損失。
雖然目前沒有發現GMF對人類健康有害的案例，並不表明沒有危害，因為它進入人類的時間還太短，其潛在危害在短時間內不會表現出來。直到目前為止，人類長期食用是否安全仍然成疑，而科學界對這些食品是否安全也沒有***識。世界糧農組織、世界衛生組織及合作組織這些國際權威機構都表示，人工移植外來基因可能令生物產生“非預期後果”。即是說我們到現在為止還沒有足夠的科學手段去評估轉基因生物及食品的風險。國際消費者聯會（成員包括全球 115個國家的250個消費者組織）表示“現時沒有壹個政府或聯合國組織會聲稱轉基因食品是完全安全的。” ;;; 目前大量的轉基因技術的應用，給我們帶來了巨大的利益，但從上述的分析中我們仍可以看出，轉基因食品目前還沒有可以評估的安全性，轉基因食品是否安全還有待進壹步的研究和時間上的驗證。
參考文獻：
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