1. 企業的信息化滯後和網絡自身的局限性問題
壹國電子商務的發展情況與其信息化建設水平洗洗相關，雖然我國的互聯網基礎設施得到很大改善，網絡覆蓋面積得到很大提高，然而網絡覆蓋率仍然較低，我國要與真正實現網絡信息的普及化，電子商務的普及化仍有壹段距離。
目前看來對於我國企業而言，其信息化水平相對於壹些發達國家來說也處於落後狀態，多數企業計算機和網絡基礎設施薄弱和有關專業人才缺乏。企業的管理尚未真正實現信息化。因為，企業信息化建設包含兩部分內容：壹方面是基礎設施，即計算機、網絡、通信等方面的硬件和系統軟件方面的建設；另壹方面是信息資源的組織、管理和應用建設，即信息資源的綜合利用以及應用軟件系統的建設。目前我國的大多數企業只重視基礎設施建設，而忽視了信息資源的綜合利用，因此，當企業導入電子商務系統過程中，由於缺少對信息資源的組織、管理及這方面的應用建設作基礎，往往使壹些企業處於兩難的境地。
另外，許多消費者都反映實際得到的商品不是在網上看中的商品。這是怎麽回事呢？騎士在把壹件立體的實物縮小許多變成平面的畫片的過程中，商品本身的壹些基本信息會丟失，輸入電腦的只是人為選擇商品的部分信息，人們無法從網上得到商品的全部信息，尤其是無法得到對商品的最鮮明的直觀印象。
2. 電子商務交易中的安全問題
安全是電子商務中的壹個傳統但又最需要解決的問題之壹。它主要有兩個方面：壹是基礎設施的安全；而是商業機密和個人隱私的保護。電子商務以開發的互聯網為平臺，必然面臨消息泄露、篡改、欺騙、抵賴等各種安全風險，在開放的互聯網上如何安全地進行網上交易、網上支付、網上數據傳輸的準確無誤，並保證商業機密不被竊取，對電子商務尤為重要。
由於網絡的虛擬性，目前信息的真實性、客戶身份的合法性、支持信息的完整性、支付信息的不可否認性、整個網上交易的合法性等都無章可循，無法可依。特別是在安全認證和網上支付方面仍存在安全性問題！不能夠完全消除人們的疑患！嚴重制約著電子商務的正常發展。據中國互聯網信息中心2009 年7 月的統計報告，用戶認為目前網上交易存在的最大問題就是除去產品質量、售後服務及廠商信用得不到保障外，列第二位的就是安全性得不到保障。因此，從傳統的交易方式向電子化的交易方式轉變的中，電子商務的交易的安全性將成為人們關註的焦點。
3. 電子商務中面臨的主要法律問題
我國電子商務中所涉及的法律問題首先是電子合同的法律問題。電子合同是數字化的，根本不同於傳統的書面合同，這使得電子合同效力的認定及操作問題變得非常復雜。我國電子商務理發中僅有《中華人民***和國合同法》（壹下簡稱《合同法》）第 11 條關於書面形式包括“數據電文”及第 33 條關於當事人采用數據電文訂立合同可以“要求簽訂確認書”的規定。另外，《合同法》第 16，第 26 條規定電子合同的生效時間、承諾的生效時間及合同成立地點，但是僅有以上幾點，電子合同仍無法操作。為解決電子合同的法律問題，中央有關部門及地方頒布了壹些法律法規。這固然是對電子合同法律問題的探索和嘗試，然而，法出多門，必然與電子商務的無界性和自由性相沖突，最終還是阻礙電子商務的發展。
其次是知識產權問題。電子商務的無形化使知識產權保護更加艱難。對於版權授權行為大家早已熟悉而且容易辨別，例如未經著作權人同意，以盈利為目的，盜版著作權人的作品或盜用影視作品。但對於在網上刊登或轉載別人的作品，法律就沒有明晰的規定。突出的例子就是有些網站出於各自的經營目的，未經作者同意，將作者的作品刊登上網，而其他網民通過訪問該網站的這些作品，已經給該網站創造經濟效益。對於該網站來說實際上已經獲利，但對於作品的作者，齊著作卻遭到侵犯。
4. 物流瓶頸
在電子商務的發展過程中，物流、信息流和資金流始終貫穿其中，隨著網上支付手段的興起和發展，資金流和信息流的處理都可通過計算機和網絡通信設備來實現，應經不再是電子商務發展的障礙，而物流除了少數商品和服務可以通過網絡傳輸實現配送外，大部分商品和服務仍需要經過傳統的物流運輸配送。目前困擾著我國電子商務的物流配送問題主要有： 首先是對物流配送缺乏正確和充足的認識。人們在對重視電子商務的同時，卻對面向電子商務的物流配送系統的重視城的不高，從而出現物流配送系統落後，不能與電子商務良性結合，限制電子商務快速、高效便捷優勢的發揮。
其次是我國還缺乏電子商務物流人才。國外物流配送的教育和培訓系統非常發達，很多大學和研究院開設物流管理專業，部分院校設置研究生物流課程，並在社會上全面開展物流配送的職業教育。相比較而言，我國在物流配送方面的教育還非常落後，在高等院校中開設物流專業和課程的較少，研究生層次教育剛起步，職業教育更是貧乏。
再次是物流配送效率低，物流裝備標準化程度低。目前，我國大多數物流配送企業是在傳統的企業機制上發展起來的，物流服務內容還停留在倉儲、運輸層上面，能夠提供綜合性服務的物流配送企業還很少。同時運輸、倉儲的現代化水平較低，物流配送中心建設發展比較緩慢，專業化操作水平不高，導致了物流配送效率低下。
5. 社會信用環境不健全問題
電子商務交易中，交易雙方不見面，其信用問題就顯得格外重要。而目前我國無論是企業還是個人，還未普遍建立完善的信用體系，社會信用度普遍低下，現金交易還占主導地位，買方擔心付款後能否收到貨物或者能否收到滿意的貨物，賣房擔心發貨後能否按期如數收到貨款。交易雙方彼此的不信任，是導致很多網上交易最終不能達成的主要原因。雖然我國的商業銀行加大了信用卡的發行力度，壹些機構也開始對建立信用季候和誠信公司躍躍欲試，但是建立壹個信用社會是壹個漫長的過程，因此信用問題在相當長的壹段時間內還將使制約電子商務發展的最大障礙。
發展前景：
(壹) 電子商務將與企業信息化逐步融合
目前，國內大多數電子商務教材都把電子商務理解成“網上交易”，即狹義的電子商務。許多電子商務領域的專家學者都把“企業信息化”與“電子商務”分開來理解。筆者認為，與國外企業相比，國內企業信息化程度普遍比較低，宣傳和推進“廣義的電子商務”更符合中國實際。在狹義的電子商務中，壹般有如下幾種類型：壹是傳統商業企業建立自己的網站並銷售商品，多是面向個人用戶，屬於 B2C 電子商務；二是網絡公司開辦電子商務網站，作為供應商和消費者、個人之間或企業之間的中介角色，有的屬於 B2C 電子商務，有的屬於 B2B電子商務，還有的屬於 C2C 電子商務；三是生產企業自己建立網站，在網上進行原材料采購和產品銷售，多屬於 B2B 電子商務；四是服務型電子商務，即網上交易的不是產品，而是服務，例如為企業或個人提供特定信息，幫助企業或個人發布特定信息，在網上開展收費的遠程教育等。黨中央和國務院提出走“新型工業化”道路，以信息化帶動工業化。我國許多企業都是制造業企業，他們是創造社會財富的主體。從大的方面來說，制造業企業在網上銷售產品本身就屬於狹義的電子商務範疇。即便是商貿企業，除了前臺的網上交易，也需要在後臺利用各種信息系統（如MIS、ERP、CRM、SCM）來提高經營管理水平。可見，“企業信息化”與“電子商務”是密切相關的，他們將逐步融合。
(二) 區域電子商務將漸入佳境
以前討論電子商務發展問題，多是從B2C、B2B、C2C 這幾種不同的電子商務類型，或從零售、紡織、煙草等不同行業來論述。隨著區域信息化（包括城市信息化）的不斷發展，以及信息化在區域發展過程中的作用逐漸顯現，區域電子商務將成為熱門話題，特別是在商貿型城市和區域經貿合作領域。
小宗商品的電子商務在數量上占很大比例。由於我國小宗商品跨地區長途物流配送還不成熟，絕大多數企業對於網上交易後的商品配送只限於本市區範圍內的客戶，象北京這樣的城市壹般限制在 5 環以內。當然，這裏面還有成本等問題。因此，網上同城交易是 B2C 電子商務的主流。另外，從規模效益的角度來看，面向本市或本地區城鄉居民的城市公***電子商務平臺是壹種促進城市電子商務發展很好的形式，有利於提高本市人民生活質量和生活水平。
從更多的區域範圍來看，經貿合作是促進區域經濟發展的重要手段。例如，為了歐洲各國更好地開展經貿合作，歐盟委員會制定了《關於內部市場中與電子商務有關的若幹法律問題的指令》，明確表示：“本指令的目的是保障內部市場的良好運行，重點在於保障信息及其服務得以在成員國之間自由流通”，這為實現區域貿易無紙化提供了法律依據。在國內，2004年12 月，泛珠江三角洲經濟圈“9＋2”各省區信息產業廳（局）長聯席會議代表審議並通過了《泛珠三角區域電子商務合作發展行動思路框架》，表示將在電子商務領域開展區域合作。環渤海地區、長江三角洲地區也在積極行動。可以預見，在信息時代，開展區域電子商務將成為促進區域經濟的有效方法。
(三) 電子商務與電子政務結合將引發新的商機
自從1993 年美國前副總統戈爾在美國國家競爭力評論中首次提出要“開展電子政務、重組美國政府”以來，全世界範圍內的電子政務建設熱潮此起彼伏。實際上，電子政務是快速發展的現代電子信息技術與行政管理和公***服務相互結合的必然產物，是政府工作的壹種新模式。盡管由於電子商務與電子政務是截然不同的兩個範疇，但在某些方面他們是密切相關的。
首先，從技術實現角度來說，電子商務與電子政務存在諸多相通之處。例如開展電子商務與電子政務，都要借助計算機網絡技術、數據庫技術、移動通信技術、信息安全技術等，政府和企業的信息系統從軟件開發角度來說幾乎是壹樣的，都要遵守軟件工程規範等等。
其次，在行政事業單位，既需要電子政務，又需要電子商務。就目前體制來說，行政事業單位還是政府部門的組成部分，從事半行政性事務或非行政性事務。政府事業單位改制是當前政治體制改革的熱點話題，壹些政府事業單位將逐漸剝離出去，采取企業化運作方式，他們離不開電子商務。對於那些繼續留在政府部門的事業單位，由於兼有行政性事務和商業性事務，電子商務與電子政務將是緊密結合的。
再次，G2B 電子政務和B2G 電子商務是密切相關的。壹方面，作為國民經濟的細胞，企業是政府的主要監管和服務對象；另壹方面，政府也是企業的重要客戶。
最後，公私合作已經成為電子政務建設的發展趨勢。政府網站的訪問量是很大的，在政府網站進行壹些商業行為是可行的，能夠帶來壹些財政收入。“政府主持、企業投資”的電子商務服務平臺也是壹種比較好的創新方式，特別對中小企業來說。特別是在中小城市，以中小企業居多，地方政府和私營企業合作建立為轄區內企業服務的電子商務平臺，企業就不需要自建網站，而且有利於電子商務平臺形成規模效應。