(壹)訴前證據保全主體不明確。
訴前證據保全的主體分為啟動主體和受理主體(這裏的受理主體是指案件的監督人)。訴前證據保全的啟動主體是指申請訴前證據保全的利害關系人或者依職權啟動訴前證據保全的法院。
在德國，無論是訴訟前還是訴訟中，證據保全措施都只能應當事人的請求而采取。比如德國民事訴訟法第485條規定:“根據壹方當事人的申請，為了保全證據，可以下令勘驗，可以詢問證人、鑒定人”。在日本，訴前證據保全是應當事人的請求而啟動的。日本《民事訴訟法》第234條規定:“法院認為不事先調查證據難以使用的，可以根據申請按照本章規定調查證據。”在美國，訴訟前，利害關系人可以向聯邦法院申請制作書面證言，以保全證言證據(見《美國聯邦地區法院民事訴訟規則》第27條第1款)。在中國臺灣省，訴前證據保全也是應當事人的請求提起的。可見，無論是大陸法系國家還是英美法系國家，訴前證據保全都是由利害關系人或者當事人發起的。
然而，我國民事訴訟前證據保全制度的啟動主體規定不明確。《民事訴訟法》和《證據條例》沒有具體規定。只是在相關司法解釋中有所規定。
(二)證據保全的管轄不明確
德國民事訴訟法第486條規定，申請證據保全可以向訴訟所在地法院提出，也可以向書記員陳述並記入筆錄。在危險迫在眉睫的情況下，也可以向被詢問者或被檢查對象所在的初級法院提出申請。當訴訟不屬於本院時，向上述初級法院提出證據保全申請。日本《民事訴訟法》第235條規定，起訴前的證據保全應提交給應被訊問的人或文件持有人居住的地方管轄法院或簡易法院或檢查對象所在地。我國臺灣省《民事訴訟法》第369條規定，證據保全申請應當在起訴後向上訴法院提出；起訴前，應當向被訊問人住所地或者物證所在地法院提出。緊急情況下，起訴後，也可以向原所在地法院申請證據保全。
上述國家或地區立法例中的證據保全管轄分為起訴前和起訴後兩種情況。其次，壹些立法案例規定，在緊急情況下，為了有助於及時保全證據，即使在起訴後，當事人也可以在起訴前向法律規定的法院提出申請。例如，德國、日本和臺灣省的立法例。第三，壹些立法案例規定，起訴前，當事人可以向被采訪人住所地或者物證所在地法院申請證據保全。如德國、日本和臺灣省。
由於我國民事訴訟法及相關司法解釋沒有明確區分訴前證據保全和訴訟中證據保全，也沒有明確規定法院是否可以采取訴前證據保全，因此對於證據保全的法院管轄規定不夠明確。我國應借鑒大陸法系國家的相關立法規定，明確訴前證據保全和訴訟期間證據保全的管轄法院，避免在案件受理過程中出現相互誘導的現象。
(3)訴前證據保全的範圍原則性強，可操作性弱。
相關國家或地區對證據保全的範圍主要采取兩種做法:壹是在法律上對範圍有明確的限定，主要通過列舉的方式。如法國《民事訴訟法》第174條規定，法官的指令應當為全部或者部分審前準備活動制作錄音、錄像或者視聽資料。錄音材料保存在法院書記員辦公室。每壹方都可以要求提交壹份記錄材料，或對其進行復制或轉錄。《德國民事訴訟法》第485條規定，為了保全證據，可以應壹方當事人的請求，對證人和專家證人進行檢查和詢問。但根據德國法律的規定，證據保全程序不適用於書證。目前立法上沒有明確的範圍限制，法院根據具體情況采取必要的方法或措施。例如，日本民事訴訟立法沒有明確規定證據保全的範圍。我國臺灣地區現行的民事訴訟立法沒有列舉證據保全的方法，因此應當理解為該方法不受任何限制。在我國，由於法律沒有明確規定壹般民事案件適用訴前證據保全措施，只能參照海事訴訟特別程序法、仲裁法和知識產權保護特別規定中關於訴前證據保全方式的規定。筆者認為，民事訴訟法可以明確規定訴前證據保全的方式，以列舉的方式參照刑事訴訟中勘驗、檢查、鑒定的相關規定。
(四)民事訴訟前證據保全的費用和擔保規定不明確。
日本《民事訴訟法》第241條規定“與證據保全有關的費用屬於訴訟費用的壹部分”。我國臺灣地區《民事訴訟法》第376條規定:“證據保全程序的費用，除另有規定外，應當作為訴訟費用的壹部分承擔”。可見，大陸法系的許多國家和地區都對證據保全的費用做出了明確的規定。根據有關國家或地區的立法規定和解釋，證據保全程序的費用包括申請費、證據調查費和選擇專門代理人的費用，負擔由法院在對這壹事實作出判決時確定。訴訟保全後從未附帶訴訟的，任何壹方因該原因行使了請求權或者抗辯權的，應當請求對方賠償所支出的費用損失，但因自己的過錯發生證據保全的除外。
在我國，司法實踐中雖然申請證據保全，但壹般都要求預交壹定數額的訴訟費用，最後與其他訴訟費用壹起決定負擔比例。但現行民事訴訟法和司法解釋規定了訴前證據保全費用，也沒有規定保全費用包括哪些項目，導致司法實踐中操作混亂。此外，民事訴訟法和最高人民法院的司法解釋都沒有對訴前證據保全作出保證，更不用說保證的形式了。