網上交易保障中心利用網絡方便、快捷的特性，以在線方式集成提供十二項服務，它們是：
1、網上交易欺詐信息舉報——由網友實名提供電子商務交易欺詐信息，經過核實後按照不同類別公示涉嫌欺詐的網站的黑名單，供網上消費者查詢、借鑒；
2、網上糾紛第三方專業調解——針對網上交易雙方的糾紛，由專業律師等提供在線方式的調解，促成問題的快速、及時、低成本解決；
3、網上交易答疑——對於交易雙方的各類疑難法律問題，提供實時解答；
4、個人身份信息核查——與國政通公司合作，在線提供近13億人口的身份證數據核查、比對；
5、企業工商信息查詢——與名索網合作，在線提供北京等地幾百萬家企業的工商註冊信息查詢；
6、自助版權保護——與聯合信任公司合作，對數字作品實現加蓋“時間戳”保護，落實電子簽名法；
7、電子數據司法鑒定——與國家信息中心電子數據司法鑒定中心合作，提供電子數據司法鑒定服務。
8、反網絡釣魚服務——與國際專業機構合作，實現全球監控釣魚網站，24*7小時查找侵權網站，及時報警並采取措施；
9、域名糾紛仲裁服務——中國國際經濟貿易仲裁委員會域名爭議解決中心權威仲裁；
10、知識產權代理服務——專業面向網絡領域提供網站登記許可、商標、專利、軟件登記等代理服務；
其他兩項服務分別是：北京購物季交易保障（北京商務局發起的08年專項網絡購物推廣活動）、數字產品加密銷售。
提供這些功能的主要出發點是：
第壹，整合資源、專業服務、綜合服務。交易平臺只需專註於交易的資金流、物流、信息流，其他的事情交給專業人士處理，如法律服務、信用服務、信息安全服務、網絡實名服務等；
第二，全面交易安全保障；以安全為核心，通過落實交易中的主體身份安全、信用安全、信息安全、法律安全將交易的各個環節都置於多重安全保障之下，確保中小電子商務參與者和消費者的利益，使其參與電子商務的風險降至最低，也使其在處理糾紛方面的時間和財力投入降至最低；
第三，法律服務不僅僅要“亡羊補牢”，更要防患於未然。如實名認證、信用信息披露、法律咨詢、自助版權保護等服務，都是倡導壹種事前的、民間第三方解決的機制，以化解行政、司法部門的壓力，減少糾紛，這也是《電子簽名法》等電子商務法律所倡導的。