1、民事責任，公司可以要求員工賠償因違約或侵權給公司造成的損失。
2、行政責任，工商行政管理機關有權依法責令停止違法行為，並可以根據情節處以壹萬元以上，二十萬元以下的罰款。
3、刑事責任、對於違反保密協議造成嚴重後果的當事人，我國刑法規定了侵犯商業秘密罪。 侵犯商業秘密罪中的重大損失，是指經濟方面的重大損失，包括減少盈利、增加虧損、引起破產、在競爭中處於不利地位等等。根據司法實踐，給商業秘密權利人造成直接經濟損失數額在50萬元以上的，致使權利人破產或者造成其他嚴重後果的，應當追訴。
保密協議的作用：
1、防止勞動者將用人單位的商業秘密、知識產權等保密事項向外泄露，從而保護用人單位的合法權益不受侵犯；
2、在勞動者完成保密協議約束的同時，也得到用人單位合理的經濟補償。從而實現在權利與義務相壹致。
3、有利於反對不正當竟爭，維護社會經濟穩定；
4、有利於維護社會就業環境的穩定。
法律依據：
《中華人民***和國刑法》
第二百壹十九條 有下列侵犯商業秘密行為之壹，情節嚴重的，處三年以下有期徒刑，並處或者單處罰金；情節特別嚴重的，處三年以上十年以下有期徒刑，並處罰金：
（壹）以盜竊、賄賂、欺詐、脅迫、電子侵入或者其他不正當手段獲取權利人的商業秘密的；
（二）披露、使用或者允許他人使用以前項手段獲取的權利人的商業秘密的；
（三）違反保密義務或者違反權利人有關保守商業秘密的要求，披露、使用或者允許他人使用其所掌握的商業秘密的。
明知前款所列行為，獲取、披露、使用或者允許他人使用該商業秘密的，以侵犯商業秘密論。
本條所稱權利人，是指商業秘密的所有人和經商業秘密所有人許可的商業秘密使用人。