(1)辦公室。組織協調局的日常工作；負責文電、會議、機要文件、檔案、督查、信訪、政務公開、安全穩定和應急管理工作；負責綜合性稿件的起草；負責新聞宣傳和信息工作；指導農業產業的安全生產。
(2)組織人事科。負責局機關及所屬單位的黨組織、機構編制、人事管理、離退休人員管理和服務工作；組織農業系統專業技術人員的繼續教育；參與農村實用人才隊伍建設；承擔農業農村人才專業技術資格和職業資格管理的相關工作；參與農業勞動模範的評選和管理；承辦國外農業智力引進；承擔市農民體育協會的日常工作。
⑶規劃和財務科。擬訂農業和農村經濟發展的規劃和政策，編制年度計劃；組織開展全市農業資源區劃工作；監測和分析農業和農村經濟運行情況；承擔農業固定資產投資、農業部和省農業廳農業綜合開發專項項目的相關工作；提出支持農業和農村經濟發展的金融信貸政策建議；編制部門預算並組織實施；參與全市農業綜合開發；負責局機關財務和國有資產管理工作，指導局機關下屬單位財務和國有資產管理工作。
(四)政策法規處(掛農村改革實驗區辦公室牌子)。提出保護和發展農業產業的政策建議；組織農業和農村經濟重大問題的研究，提出深化農村經濟體制改革的建議；承擔農業和農村經濟方面的地方性政策和規範性文件的起草和執法監督工作；指導農業行政執法和農業宣傳教育；承辦農業行政復議和行政訴訟；指導農村改革試驗區的工作；承擔本局規範性文件的合法性審核工作。
(5)市場與經濟信息司(掛農產品質量安全監管司牌子)。對全市大宗農產品和重要農業生產資料的流通和價格政策提出建議，指導和協調大宗農產品市場建設；承擔農業統計工作，發布農業和農村經濟信息，指導農業信息服務；負責培育、保護和發展農產品品牌；組織協調菜籃子工程；制定全市農產品質量安全監管體系建設規劃並組織實施；組織實施農產品質量安全監測、風險評估和信息發布；擬訂市級農業技術標準和產品質量標準並組織實施；負責農業生產資料質量的監督管理；承擔相關農業檢驗檢測機構的評估工作；依法對符合安全標準的農產品實施認證和監督管理；對禁止生產農產品的區域提出建議；負責農產品質量安全突發事件的應急處理。
(6)科技司(掛轉基因生物安全監督管理辦公室牌子)。負責農業科技創新體系建設；組織農業科學研究、技術引進、成果轉化和推廣；指導農業技術推廣體系的改革和建設；負責農業科技成果和知識產權管理；組織和指導農民科技培訓和農村勞動力轉移就業培訓；承擔農業植物新品種保護和農業轉基因生物安全監督管理工作；指導農業教育工作；承擔市農業專家咨詢組的具體工作；參與制定農業對外開放政策和外向型農業發展規劃；承擔農產品進出口的調查和貿易促進工作；承辦農業涉外事務，組織農業對外經濟技術合作與交流；組織農業外資和項目的引進和管理；參與與臺灣省、香港、澳門的農業交流與合作；負責涉外農業安全保密和農業宣傳。
(七)種植管理部(農業保險部牌子)。擬訂種植業發展規劃和政策並組織實施；指導種植結構和布局的調整以及標準化生產；承辦各類農作物補貼相關工作；發送和發布農業信息；協調種子、化肥等救災物資的儲存和調撥，指導搶險救災和災後恢復；擬訂耕地和基本農田質量保護和提高的規劃和政策措施；引導節水農業發展；承擔農作物種子(種苗)、農藥、化肥、農膜、食用菌、蠶種的許可和監督管理；組織實施農作物遺傳資源保護；承擔重大農作物病蟲害防治和農業植物檢疫工作；參與制定政策性農業保險計劃和政策措施，組織實施政策性農業保險；承擔扶貧開發工作。
(8)工業化部分。擬訂農業產業化發展規劃和政策並組織實施；負責農業產業化經營的調度和分析；支持農業產業化龍頭企業和農產品加工企業發展，承擔國家、省重點農業產業化龍頭企業申報和市級重點農業產業化龍頭企業認定監測工作；承擔農業產業化貼息貸款項目的申報、審批和實施的相關工作。