未發酵糞便，施入土壤中會發酵，產生熱量、有害氣體，有爛種子、燒根、燒苗現象，而且發酵時間長，產生肥害反而影響農作物生長，沒有發酵腐熟的農家有機肥，施入土壤病蟲害較多，動物糞便裏、農作物稭稈、下腳料裏含有病菌、蟲卵、病毒，如果直接施入土壤，會在土壤中漫延、滋生、孵化，危害農作物生長，爆發病蟲害疫情。
硬質板結的土壤質地或散沙狀的砂質土壤要種植蔬菜、果樹或中藥等作物是非常困難的（極個別作物除外，例如：黃精種植）。若在田裏混入有機肥，有機肥就會成為微生物的食物，有利於微生物的繁殖。細菌、真菌類、各種昆蟲、蚯蚓等大小不同的生物開始活動。
此時透過微生物分泌的黏液，在微觀的土壤中，離子結構成為小小的團狀。這樣的土壤成為團粒結構，非常適合作物的生長。
因為團子和團子之間的空隙，能使通氣性、排水性良好。同時壹個壹個的團子也能貯存水分，保水性也很好。
在這樣的土壤中有許多的微生物，彼此之間形成相互推擠的平衡。因此，就不會有惡性的微生物繁殖，就像人體的腸道壹樣，有益微生物與有害微生物達到平衡。同時混入有機肥的作物害能提高病蟲害侵襲的風險。