實用新型專利通過的周期為壹年左右，發明專利通過的周期更長，要兩年到三年。大多數知識產權數量不夠，又急於申請高企的企業想保證“擁有自主知識產權”項加分最快捷的辦法就是選擇軟著申請。企業純粹為了申報高企而申請軟著，知識產權關聯性低，甚至軟著與研發項目和產品的關鍵技術完全不搭界，張冠李戴，這就導致企業知識產權評分不高。
新的工作指引中對科技成果轉化能力的打分是由技術專家對企業科技成果轉化的總體情況進行綜合評價，沒有明確統壹的衡量標準，對企業來說，成果轉化多多益善是壹方面，成果與產品之間的關聯與有效轉化也是高分的重點。
技術成果是什麽，怎麽轉化的，應用在哪個產品中，應用的效果如何，是否產生收益等這都是企業需要詳盡描述的要點，部分企業“強行轉化”，知識產權跟項目和產品嚴重不匹配，成果與產品幾乎無關聯，那任妳舌燦蓮花也無濟於事。
新的工作指引加強了企業對社保人員的檢查力度，尤其是鄉鎮型科技企業。而不少新成立的公司為了節省費用，往往核心創業人員甚至初創團隊的員工都不交社保，將錢省下來用於產品研發、生產、銷售。
此外，近兩年新成立的企業多以技術人才創辦為主，這類企業技術方面比較領先，但財務管理方面就相對松散。由於線上支付的發展，現在很多企業線上收款，直接進入賬戶，即使進入公司賬戶也很少開票，導致賬目混亂。
在後補充材料中常常容易出現制度寫明了有具體金額的獎勵激勵，但沒有發獎金、匯款或現金簽收的憑證等前後不壹致的現象，使審核專家對其各項管理制度存疑，導致扣分。
對於中小型企業和初次申報的企業來說，對具體政策和申報過程不夠透徹以及編寫申報材料經驗不足也是壹大難關。團隊缺乏實操經驗，不清楚材料具體應該怎麽準備。