1.從技術創新的內涵來看，企業是創新的主體。自主創新不完全等同於自主研發，關鍵是要將創新成果轉化為現實生產力。在市場經濟條件下，企業創新更有效，因為企業貼近市場，了解市場需求，有要素組合和運行機制將技術優勢轉化為產品優勢，將創新成果轉化為商品，通過市場獲得回報。同時，在市場競爭的壓力下，企業家比科學家更迫切需要通過自主創新提升競爭力、創造效益，謀求企業的發展壯大。正是企業的這些內在需求和屬性，決定了其在創新中的主導地位。
2.從世界各國的經驗來看，企業是創新的主體。西方國家工業化的歷史進程表明，正是由於大量企業通過不斷的技術創新，將發明或其他科技成果轉化為市場需要的商品，將知識和技術轉化為物質財富，形成規模產業，促進了產業結構的優化升級。同時，企業的不斷發展可以形成新的R&D投資，從而推動技術創新和突破，實現經濟技術發展的良性循環。
3.從目前的趨勢來看，企業是創新的主體。數據顯示，盡管世界各國政府都在加大R&D的投入，但企業的R&D投資往往增長更快。企業研發人員的數量也隨著企業研發經費的快速增長而增加。創新資源向企業聚集的趨勢在壹定程度上反映了企業是創新的主體。
今天，我們強調自主創新，在創新的基礎上，我們進壹步強調中國的發展不應該盲目依賴外國技術，而必須掌握壹些能夠創造市場競爭優勢的關鍵技術和知識產權。因此，在新的發展起點上，我們必須清醒地認識到自主創新的瓶頸。
首先，企業自主創新主體地位的缺失制約了我國自主創新能力的提高。據統計，我國大中型工業企業研發支出占銷售額的比重不到1%，遠低於發達國家2.5%-4%的水平。中國只有十分之三的企業擁有自主知識產權的核心技術，98.6%的企業沒有申請專利。無論從創新投入還是創新產出的角度來看，中國企業都不能在技術創新活動中發揮主體作用。這種情況使得行業重大關鍵技術瓶頸難以突破，自主知識產權缺乏，直接制約了國家自主創新能力的提升。
二是企業自主創新地位不突出，使得經濟發展方式轉變“更加困難”。在傳統的技術供給模式下，企業處於輔助角色。壹些有市場前景的科技成果，由於技術轉移機制不完善，不為企業所知，難以轉化為現實生產力。因此，大多數企業在發展中仍處於外延擴張狀態。
第三，遲遲不能確立企業自主創新的主體地位，可能會使中國跟不上科技革命的步伐。當前，世界新技術革命正在孕育，科技成果轉化和產品升級的周期越來越短。有實力的跨國公司為了在技術上保持領先，在全球範圍內優化創新資源配置，加快知識產權布局，搶占技術標準。相比之下，由於中國企業實力普遍較弱，國內新興技術領域的壹些成果多被跨國公司購買。這種情況太多會讓我們錯過可能的機會。
第四，企業自主創新主體地位的動搖，將固化中國在國際產業分工體系中的不利地位。在經濟全球化趨勢下，國際產業轉移激烈。雖然我們擴大了出口，增加了就業，但以加工組裝為主、附加值低的局面，使得企業無法積累創新所必需的資金，也無法真正掌握先進技術。同時，在外資企業的壓力下，壹些具有原始創新基礎和潛力的國內企業人才逐漸流失，在國際分工中贏得有利地位的難度加大。
當前，加強企業在自主創新中的主體地位，應積極采取多種手段:1，引導和支持創新要素向企業集聚。2.重視國有企業的重要作用。