棉花產業在我國經濟發展、勞動就業和對外貿易中發揮著非常重要的作用。我國棉花面積約占世界面積的15%，皮棉產量約占世界總產量的25%。我國棉花播種面積占農作物總面積的3%，產值占農作物產值的10%左右。棉區覆蓋農村人口5億、農村勞動力2億以上，棉花加工、紡織和服裝生產等直接從業工人超過1900萬人，間接就業人員達到1億人。2007年我國紡織品及服裝出口1712億美元，占全部出口額的14%左右。
但是，棉花又是遭受病蟲害為害最嚴重的農作物之壹。1992年，我國黃河流域棉區棉鈴蟲特大暴發，造成直接經濟損失100多億元。其後，又迅速向長江流域棉區蔓延。棉農不得不高頻次、高濃度施用殺蟲劑，每年防治棉鈴蟲20余次，不僅增加了棉花的生產成本和棉農的勞動強度，也破壞了生態環境，同時還嚴重損害了棉農的身心健康。據不完全統計，1992～1996年棉農因防治棉鈴蟲而中毒人數超過24萬人次。
蘇雲金芽孢桿菌（即Bt），作為壹種生物殺蟲劑早在1938年就用於防治地中海粉螟。1981年，科學家首次成功克隆了第壹個編碼Bt殺蟲晶體蛋白基因。我國轉基因抗蟲棉的研究在科技部國家“863”計劃、國家轉基因植物研究專項等項目和農業部、發改委、財政部等部委的大力支持下取得了顯著進展。我國科學家於1992年底研制成功具有自主知識產權的GFM Cry1A 融合Bt殺蟲基因，並將其導入棉花，創造出單Bt轉基因抗蟲棉。1995年，利用GFM Cry1A Bt殺蟲基因和豇豆胰蛋白酶抑制劑(CpTI)基因，構建了雙價抗蟲(Bt+CpTI)基因，標誌著我國第二代抗蟲棉的研究達到了國際領先水平。2002年由中國農業科學院棉花研究所建成“棉花規模化轉基因技術體系平臺”，實現了基因遺傳轉化的流水線操作，年產轉基因植株8000株以上，做到了棉花轉基因規模化和工廠化。該項研究成果於2005年獲得國家科技進步二等獎。研發中以“規模化轉基因技術平臺體系建設”為紐帶，采取雙贏互利的發展模式，與我國從事基礎研究的上遊基因構建單位開展全面合作；並將所獲得轉基因棉花種質新材料快速發放給我國從事應用研究的棉花育種單位，進行新品種培育；同時加強與企業的合作關系，充分利用企業的市場運作、營銷網絡等優勢，以加強國產轉基因抗蟲棉的產業化力度。從而實現了技術創新、科技人才、技術成果的全國壹盤棋壹體化的運作效果。
1997年外國抗蟲棉進入我國，1998年我國抗蟲棉95%的市場份額已為外國抗蟲棉壟斷。面對嚴酷的生產、科研和產業發展危局，國家出臺了壹系列加快國產抗蟲棉研發的對策，使不利局面得以扭轉。2002年，國產轉基因抗蟲棉已占據30%的市場份額；2004年，在4800萬畝抗蟲棉市場份額中，國產轉基因棉花種植面積3000多萬畝，占市場份額的62%。2008年我國轉基因抗蟲棉面積已達5700萬畝，占全國棉田面積的70%，其中國產抗蟲棉已占93%以上。我國國產轉基因抗蟲棉累計推廣面積2.5億多畝，直接為棉農帶來收益490億元。種植轉基因抗蟲棉後，每年化學農藥的使用量減少1萬到1.5萬噸，相當於我國化學殺蟲劑年生產總量的7.5%左右；棉農的勞動強度和防治成本顯著下降，棉農中毒事件降低了70%到80%，棉田生態環境得到明顯改善。
國產轉基因抗蟲棉的成功研發，是我國農業科技躋身世界先進行列的壹個典範，振奮了全國人民的精神，樹立了科技攻堅的信心。在國產轉基因抗蟲棉的研發過程中形成的全國上中下遊科研力量密切合作創新機制，以及促進科技型企業崛起的研發策略，對農業科技創新趕超世界先進水平，具有重要的借鑒意義。