1.1 藥材來源欠規範 中藥講究“道地”藥材，即使同壹品種，其不同的產地、不同采收期、不同種植方式和不同的加工炮制方法等都會影響到藥材的質量和藥效。當前，壹些中藥材沒有集中的產地，多呈散在種植、采集與加工。有些中藥的安全性、質量可控性、重現性和有效性等還缺乏完整可靠的科學數據，對此應引起高度重視。中藥質量標準不規範有待強化，中藥資源的保護和可持續發展等已成為擺在我們面前的重要課題，所以有關部門提出了強化落實GAP的議題。此外在中成藥的命名上也不太規範，要著力解決同方異名，同名異方及同品種中成藥地方標準問題。與此同時，在控制中藥的重金屬含量和除掉農藥殘留方面的問題也有待解決。
1.2 產品科技含量低 我國的藥物進出口額中，中藥占有壹定的份額，而在中藥出口中，中藥材和初加工的標準提取物等粗制品出口卻占了很大的比重。2000年據海關統計，我國醫藥進出口創歷史最高水平，全年進出口額達64億美元，出口38億美元，進口26億美元，出大於進。而同期我國中藥進出口總額為8.73億美元，其中出口4.15億美元，進口4.58億美元，即中藥進口已經大於出口0.43億美元。從中藥出口的結構看，純中藥材出口2.67億美元，占64.3%，其余為中成藥或提取物。原中藥材出口占中藥出口額的2/3，反映了我們出口的中藥產品科技含量低，而進口的“洋中藥”卻多是價格昂貴的中成藥，對此應引起我們的重視和反思。
1.3 出口混亂多頭化 我國在中藥出口方面，由於受利益驅動影響和外貿權的下放，各自為戰，各自為政，多渠道出口，有的外商還直接到中國來抓藥源。由於大家都向國外出口中藥材或標準提取物，互相之間惡性競爭，到頭來，吃虧的還是我們自己。有報道，銀杏葉標準提取物在1997年時，頗受青睞，每公斤300美元。到了2000年僅三四年時間，價格就急劇下降到每公斤30美元。受提取物價格下降的影響，每公斤銀杏葉的價格也由1995～1996年間的16元下降到1999年的5元左右，比較效益大幅度下降，使我國銀杏集中種植區的農民和加工廠家蒙受很大的經濟損失，有些農民忍痛砍樹。本來我們在銀杏提取物的出口方面占據優勢，供不應求。但現在卻是我們自己把自己打敗了，自我落價扼殺了民族藥業，拱手相讓成全了外商。
1.4 傳統劑型需改進 提高中醫藥學術水平的防病能力，是中醫藥事業發展的根本。中藥是我國在世界上為數不多的在知識產權方面領先於世界的產品。天然藥物近年來以其毒副作用小、價廉易得、療效可靠和抗藥性低而逐步受到大家的重視和關註，但我們的丸、散、膏、丹等劑型方式和質量標準跟不上形勢要求。好藥、好的療效同樣需要有好的包裝和宣傳，中藥在與世界接軌方面還存在壹些問題。我國原料藥材的不同來源，植物原料藥中含有的不同組份，使對中藥制品的質量標準和質量控制面臨很大的挑戰。另外由於中西方文化上的差異，中醫用古老的亞洲哲學來解釋中藥的理論和功效，卻很難被西方人所理解和接受，猶如電影《刮痧》中所介紹的例子很有代表性。對中醫藥理論我們要“繼承不泥古，發揮不離宗”，在傳統劑型等方面要註重加以改進提高。