直接向歐盟知識產權局申請分為在線申請和紙質申請，在線申請費用更低且只需使用壹種語言。歐盟知識產權局還有快速申請渠道，可以加快歐盟知識產權局審查進程，盡快公開註冊申請。
2、商標審查
收到申請後，歐盟知識產權局將進行審查，發現問題將通知申請人在2個月內補正。未能在規定時間內補正的，歐盟知識產權局將全部或部分駁回申請或主張。
不服歐盟知識產權局決定的，可上訴至歐盟知識產權局內部的上訴委員會，不服上訴委員會決定的，可以上訴至歐盟普通法院，歐盟普通法院的判決還可以上訴至歐盟司法法院。
但歐盟知識產權局在審查商標註冊申請時並不主動審查是否存在在先權利，在先權利人可以通過異議、請求宣告無效等程序來維護自己的權利。
3、公開申請以及異議
歐盟知識產權局審查不存在問題的，註冊申請將被公開在歐盟商標公報上。
任何人認為申請註冊的商標損害其在先權利的，可以在申請公開1個月後的3個月內提出異議，歐盟知識產權局將組織雙方程序並將最終做出決定。不服歐盟知識產權局最終決定的，可以按照上段步驟進行上訴。任何人認為申請註冊的商標不符合商標註冊條件的，可以向歐盟知識產權局提出意見，提出意見不用付費，歐盟知識產權局將告知申請人，並予以考慮。
4、註冊及公開
如果在規定時間內無人提出異議或意見或，或者異議或意見不成立的，歐盟知識產權局將進行註冊、在歐盟商標公報上公開並發給電子註冊證。
歐盟商標註冊後5年內必須投入使用，否則任何人均可對其提出不使用撤銷註冊申請。任何人還可以向歐盟知識產權局申請撤銷註冊商標或宣告註冊商標無效。不服歐盟知識產權局最終決定的，也可以按照上段步驟進行上訴。歐盟註冊商標轉讓或許可他人使用的，應當在歐盟知識產權局備案。