截至2013年，該校建有省部***建教育部重點實驗室1個，農業部農業科學觀測實驗站1個 ，自治區重點實驗室7個 。***有7個研究所，其中校級研究所3個（草業研究所、林業研究所、馬業研究所），院級研究所4個（幹旱區土壤與肥料研究所、幹旱區荒漠研究所、經濟社會發展研究中心、設施農業研究所） 。各個二級學院下還設有新疆特色果樹研究中心、西甜瓜研究所、幹旱區植物研究中心、物流工程研究所等研究所（中心）。
省部***建教育部重點實驗室：西部幹旱荒漠區草地資源與生態教育部省部***建實驗室
教育部研究中心：棉花工程研究中心
農業部農業科學觀測實驗站：西北草食動物營養與飼料科學觀測試驗站
農業部國家特色林果研究中心：香梨品種改良中心
自治區級重點實驗室：新疆草地資源與生態實驗室、新疆肉乳用草食動物營養實驗室、寒冷幹旱區水文水資源與水利工程實驗室、幹旱區林業生態與產業技術實驗室、農林有害生物監測與安全防控實驗室、畜禽疫病防控與畜產品質量安全實驗室、新疆農業工程裝備創新設計實驗室
自治區工程技術研究中心：新疆果品加工與保鮮工程技術中心、新疆水文水資源工程技術研究中心、新疆奶業工程技術研究中心
自治區高校人文社科重點研究基地：幹旱區農村發展研究中心
自治區教育廳普通高等學校重點實驗室：幹旱區林業生態與產業技術重點實驗室
新疆農業大學重點建設實驗室：新疆草地資源與生態重點實驗室、農業生物技術重點實驗室、棉花工程研究中心、新疆農業節水與水資源研究中心、農業信息化與數字農業研究中心、農產品加工工程技術中心、新疆特色林果業研究中心、中亞農業經濟與農產品貿易研究中心 2006年至2013年，該校***承擔縱向科研項目562項，其中國家科技支撐項目5項，國家科技支撐計劃課題22項，到位經費近2.36億元。主持或參與完成的科研成果獲省部級以上獎勵60項，其中榮獲國家科技進步二等獎2項，自治區科技進步壹等獎6項，自治區哲學社會科學成果獎壹等獎3項。通過審定的品種12個，獲得專利81項 。 據2014年5月官網顯示，該校自2003年開始，累計承擔自治區農業適用性技術推廣項目48項，到位經費905萬元。與地州和企業***開展科技合作232項。僅南疆在研的科技合作項目34項，經費達2645萬元。
科研成果中漏鬥式全沙排沙技術及應用，新疆科技進步獎壹等獎，國家科技進步獎二等獎，該成果通過激光測試儀及五孔皮托球三維測試裝置的測試分析，揭示了懸沙排沙漏鬥三維的清、渾水流場的水力學特性及泥沙輸移機理，把懸移質與推移質兩種排沙功能融為壹體，能同時排除粒徑大於0.05mm的各級泥沙，經專家鑒定為國際先進水平。
“新疆特色林果高效節水綜合技術研究與應用”,獲得新疆維吾爾自治科技進步獎壹等獎。項目針對林果業灌溉技術面臨的重大關鍵問題，開展了果樹微灌、水肥耦合、田間微環境調控等關鍵技術研究，開發了適應於林果微灌的低壓低能耗新技術，研制了具有自主知識產權的微灌系列新產品，形成農業高效節水技術應用和管理模式，建立了綜合試驗基地。該研究技術與地面灌技術相比，果樹平均增產10.6%、肥料利用率提高15.4%、水分利用效率平均提高32.7%；系列高效率過濾設備降低水頭損失1～3m，除砂效率提高15～25%。開發出的移動式滴灌機和過濾器已實現產業化。項目成果為實現新疆1700萬畝特色林果健康發展起到重要支撐作用，對幹旱區農業高效用水與水資源合理配置具有重要借鑒意義，研發的節水技術、產品、應用模式具有廣泛的推廣應用價值 。 館藏資源 截至2014年3月，新疆農業大學圖書館藏書100余萬冊，期刊2200余種，中英文數據庫15個。是國家二級科技查新定點單位（1995年），聯合國糧農組織出版物收藏館（1997年），教育部大學數字圖書館國際合作計劃（CADAL）項目新疆服務中心（2010年）和新疆少數民族文獻資源數字化加工中心（2010年） 。 學術刊物 《新疆農業大學學報》由新疆農業大學主辦，向國內外公開發行的農業綜合性學術期刊。創刊於1965年，2004年進入中國科技核心期刊。2008年入編《中國核心期刊要目總覽》之綜合性農業科學類的核心期刊。
為美國《化學文摘（網絡版）》、美國《劍橋科學文摘：自然科學版》、俄羅斯《文獻雜誌》、英國《動物學記錄》、《公***健康》、《國際農業與生物科學中心數據庫文摘》、《中國生物學文摘》、《中國生物學文獻數據庫》、《中國林業文摘》等國內外重要文獻檢索和數據庫收錄。
另外《中國期刊全文數據庫》、《中國學術期刊綜合評價數據庫》、《萬方數字化期刊群》、《中國科技期刊數據庫》等都已將學報作為來源期刊全文收錄 。