按照不同區域的自然條件、資源優勢和市場需求，打破行政區劃界限，跨區域制定布局規劃，整村整鄉推進專業化生產，大力發展壹鄉壹業、多村壹品的特色產業，加快培育特色鮮明、類型多樣、競爭力強的專業村和專業鄉鎮，形成集中連片、聯合發展的專業化生產格局。到2012年，全市各類專業村比重達到60%以上。
1、現代制種產業。以肅州區為主，向金塔縣和玉門市輻射，以現代制種為先導,逐步調整擴大瓜菜、花卉等經作高效制種，開發培育具有自主知識產權的種子繁育。全市制種面積穩定在25萬畝，其中，高效制種由10萬畝擴大到15萬畝，把我市打造成全省乃至全國重要的現代制種和種子加工基地。
2、名優果品產業。以敦煌市為主發展鮮食葡萄、紅棗、李廣杏、優質梨等名優果品，輻射帶動瓜州和金塔縣發展釀酒葡萄、紅棗，全市果品面積由16萬畝發展到22萬畝，其中，葡萄由4萬畝發展到10萬畝，以紅棗為主的優質果品培育發展到5萬畝，把我市建成知名的特色林果生產基地。
3、啤酒原料產業。以玉門市和瓜州縣東部、肅州區為重點發展區域，啤酒原料由12萬畝擴大到16萬畝，其中，啤酒花由2.4萬畝發展到6萬畝；並依據市場需求和收益情況以及輪作倒茬需要，引進種植優質啤酒大麥，使啤酒大麥種植面積穩定在10萬畝，打造全國知名的啤酒原料基地。
4、草食畜牧產業。布局在金塔、肅州區、玉門市和瓜州縣、敦煌黨河流域（含肅北、阿克塞兩縣）五個區域。全市肉羊飼養量由2007年的407萬只發展到600萬只，出欄由167萬只增加到300萬只，羊肉產量由2.5萬噸增加到4.5萬噸。力爭把金塔、玉門、肅州、瓜州和敦煌建成飼養量過百萬的養羊大縣，把阿克塞、肅北兩個民族縣建成30萬只的養羊縣。鞏固以肅州區為主的奶牛、肉牛養殖基地，全市奶牛、肉牛飼養量分別由3.1萬頭和18.3萬頭，增加到5萬頭和25萬頭。
5、蔬菜產業。以肅州區、玉門市為主,向其它三個農業縣（市）輻射發展蔬菜生產。全市日光溫室由3.2萬畝發展到5萬畝;大田蔬菜由21.8萬畝發展到25萬畝,其中,洋蔥、番茄等加工蔬菜由12萬畝發展到15萬畝；瓜類由3萬畝發展到5萬畝。
6、棉花產業。以金塔縣、敦煌市及瓜州縣西片鄉鎮為主，棉花種植面積由77.9萬畝逐步調減到50萬畝，通過優化品種，推廣超高產栽培和間作套種技術，提高單產，增加效益，建成全省重要的棉花生產加工基地。