由於域名的復雜特點，因商標權和域名權沖突而引起的爭議不斷出現。常見的是域名惡意搶註引發的域名權與商標權先占權沖突的糾紛。解決這類案件中如何適用法律和商業慣例，在法學理論界和司法實務界存有不同認識。以註冊域名為手段來謀取不當利益，妨礙權利人在因特網上的合法權利，降低他人商標的商業價值，應當認定其為惡意搶註行為。對確定域名是否惡意註冊，世界知識產權組織的認定依據是： a，爭議域名與商標權人持有的商標相同或者足以引起混淆的相似；和b，域名持有人對該域名不享有權利或其它受法律保護的利益；和c，域名持有人對該域名的註冊與使用具有惡意。例如：為考慮增值，承諾銷售、租賃或轉讓域名給商標或服務標記持有人或他們的競爭對手；或企業為取得盈利，通過創立與原告相混淆的商標或服務標記來吸引互聯網用戶訪問域名持有人的網站或其它在線地址；或域名註冊人其目的並不在於自己使用，而在於阻止商標或服務標記持有人利用自己的商標註冊相應的域名；或為了破壞競爭者的商務而註冊域名。
中國國內出現了大量知名企業的馳名商標被他人搶註成網絡域名，司法實踐中，法院也開始做出維護商標權人的權利的判決或裁定。如我國的首例域名糾紛案：北京市海澱區人民法院受理了科龍集團的英文商標“kelon”被搶註為域名的案件，最後法院認定搶註者的行為是非法的。註冊並使用域名可能給商標權人造成損害的表現主要有：
（1）域名持有人意在出售域名。向當商標權人提出轉讓域名的要約時，其索要的出讓價格非常高，明顯具有營利性。
（2）域名持有人註冊有關域名後使得商標權人無法利用自己的商標作域名，因而使其通過網絡從事的經營活動受到嚴重影響的。商標權人必須舉證證明，其所擁有的全部商標均已被作為被投訴人的域名持有人在常用的壹級域名之下註冊為二級域名，或在常用的二級域名之下註冊為三級域名，從而使其徹底喪失了利用自己的商標在頂級域名下註冊二級或三級域名的可能性。
（3）域名持有人在相應的網站上從事與商標權人相同或相似的業務，並直接或間接地表明其與商標權人系同壹人，或者至少有某種內在的聯系。這樣做的結果必然會導致有意同商標權人交易的用戶選擇域名持有人進行交易，從而剝奪商標權人本來應當有的交易機會的。
（4）在相應的網站或網頁上傳播損害商標權人形象與聲譽的信息，從而貶損商標權人在市場上的競爭地位的。
（5）註冊了與他人註冊商標文字相同的域名但不使用，應屬於非法搶註。筆者認為，域名註冊人註冊了與他人註冊商標文字相同的域名，並在2年內空置的；或者註冊人註冊了幾十個以上與他人註冊商標文字相同的域名，應屬於非法搶註，相關的商標權人有權向有關機關申請搶註者註冊的域名無效。