到了元代，相傳人們曾利用饋贈月餅的機會，在月餅中夾帶字條，約定八月十五夜，同時行動，殺死趕走蒙古“韃子”。到了明代，中秋節吃月餅的習俗更加普遍。明·沈榜《宛署雜記》載：“士庶家俱以是月造面餅相遺，大小不等，呼為月餅。”《酌中誌》說：“八月，宮中賞秋海棠、玉簪花。自初壹日起，即有賣月餅者，至十五日，家家供奉月餅、瓜果。如有剩月餅，乃整收於幹燥風涼之處，至歲暮分用之，曰團圓餅也。”經過元明兩代，中秋節吃月餅、饋贈月餅風俗日盛，且月餅有了“團圓”的象征義。經清代到現代，月餅在質量、品種上都有新發展。原料、調制方法、形狀等的不同，使月餅更為豐富多彩，形成了京式、蘇式、廣式等各具特色的品種。月餅不僅是別具風味的節日食品，而且成為四季常備的精美糕點，頗受人們歡迎。
月餅壹詞最早見於南宋吳自牧《夢梁錄》中，那時的月餅是菱花形的，和菊花餅、梅花餅、五仁餅等同時存在，並且是“四時皆有，任便索喚，不誤主顧”。可見這時的月餅，還不只是在中秋節吃。至於月餅這個名詞的來歷，已無從考證。但是北宋著名文人蘇東坡留有“小餅如嚼月，中有酥和飴”的詩句，或許這是月餅這個名稱的來源以及月餅做法的根據。