青島經濟技術開發區國家稅務局內設5個行政、業務處室、5個稅源管理處、1個直屬機構、1個事業單位。
(1)辦公室
負責制定本局年度工作計劃及發展規劃；負責處理本局日常政務，起草、審核有關文件和報告；負責組織本局會議、文秘事務、文書檔案、保密、調研、政務信息工作；承辦政務督查、目標責任制的考核及辦公室規章制度建設；負責本局的財務經費核算、基本建設工程預決算的立項、上報和服裝、裝備及資產的管理；負責指導辦公自動化工作：負責稅收宣傳、辦理人大代表建議、政協委員提案等工作；負責後勤服務和行政事務等工作；負責本部門幹部職工思想、作風、紀律建設和日常管理工作；完成領導交辦的其他工作。
(2)人事教育處
負責本局黨建、思想政治工作、精神文明建設、統戰、宗教和基層建設工作；負責權限範圍內的幹部任免、調配、工資核定、專業技術職務評審等人事管理工作；按幹部管理權限負責幹部監督和公務員考核工作；負責離退休幹部、提前離崗人員的管理和服務工作；負責教育培訓管理工作；負責本局工會、***青團和婦聯工作；負責幹部職工思想、作風、紀律建設和日常管理工作；完成領導交辦的其他工作。
(3)監察室
負責本局工作人員貫徹執行黨和國家的路線方針及稅收法律、法規、政策情況的監督檢查；負責本局行政效能監察和執法監察工作；負責黨風廉政建設和糾風工作；負責受理信訪舉報並負責對本級管理幹部違法違紀案件的查處等工作；負責本處幹部職工思想、作風、紀律建設和日常管理工作；完成領導交辦的其他工作。
(4)納稅服務處
負責本局納稅服務工作的組織實施和綜合性征管制度建設；負責稅務登記管理，包括：開業登記、變更登記、停復業登記、註銷登記、稅務登記驗證、換證和非正常戶處理，以及外出稅收管理證明開具、核銷、稅務登記政策管理等；負責普通發票和專用發票管理，包括：普通發票和增值稅專用發票的領用存管理，發票發售、驗審、代開、繳銷、核銷、票款解報，以及普通發票、增值稅專用發票管；負責防偽稅控系統推行、報稅、認證及專用發票計算機稽核；負責稅種核定、申報受理、稅款入庫和出口貨物專用繳款書及分割單的開具；負責稅收計劃、稅收會計統計、欠繳清理、提退以及稅收票證的管理；負責稅源監控管理制度的貫徹實施，組織開展重點稅源調查研究和監控分析，匯總編制上報各類稅源報表和報告；負責發放、受理、轉辦各種涉稅待批文書（包括資格認定、減免稅、稅前扣除、稅款提退、年檢年審），並將辦結後的涉稅文書發放給納稅人；負責納稅評估綜合性制度貫徹的組織實施及工作情況的上請下達和匯總上報；負責本部門業務範圍內應予稅務行政處罰行為的調查和執行。
(5)稅政法規處
負責增值稅、消費稅、企業所得稅、儲蓄存款利息個人所得稅、外商投資企業和外國企業所得稅及有關新開征稅種的稅收政策貫徹的組織實施及工作情況的上情下達和匯總上報；負責擬定和組織實施有關稅種的具體管理制度、納稅評估辦法；負責對流轉稅、所得稅減免稅資格審核、審批；負責對出口企業“免、抵、退”稅的審核和報批工作； 負責征管檢查案件、壹般程序稅務行政處罰案件的審理和稅務處理決定、處罰決定的出具；負責對稅收政策貫徹落實情況和日常執法情況進行監督檢查；負責處罰聽證、行政復議、行政訴訟等工作。
(6)稅源管理壹處
負責本局征管檢查工作的貫徹落實和組織實施；負責註銷稅務登記的檢查及相關事項的處理；負責日常納稅評估工作中發現的違法案件的檢查；負責發票協查系統的業務管理及發票協查工作；負責“全面開具發票制度”實施情況的檢查；負責審結案件處理決定的執行；負責日常稅收管理中的稅收保全措施和強制執行措施的實施；負責各類檢查統計報表、資料的歸集、匯總和上報工作。
(7)稅源管理二~五處
負責對征管範圍內納稅人的稅收政策宣傳、納稅輔導以及應納稅人要求的其他涉稅服務；負責對征管範圍內納稅人的稅源監控、調研、管理；（包括編制稅收計劃，稅源調查、分析、反饋、監控，貫徹落實稅收計劃，組織稅收收入.）負責對征管範圍內納稅人的催報催繳（包括未申報、抄稅、認證的催報，未繳稅款、滯納金、罰款的催繳，各種稅款退回的審核，清繳欠稅，負責延期繳納稅款和延期申報的審核）；負責對所轄納稅人增值稅臨時壹般納稅人資格認定、轉正、取消和各類年檢年審工作；負責對所轄納稅人資格類減免稅稅款和所得稅稅前扣除項目的審核審批；負責對所轄納稅人所得稅核定征收、匯算清繳及檢查工作；負責對所轄納稅人納稅評估的實施；負責非正常戶的調查、監控和對責任範圍內漏征漏管戶的檢查核實；負責稅控器具、系統的推行落實，負責稅控器具涉稅信息采集、整理歸檔。
管理範圍：稅源管理二處負責青島經濟技術開發區國家稅務局所轄範圍內涉外企業的稅收管理工作；稅源管理三處負責青島經濟技術開發區辛安、柳花泊辦事處區域所轄內資企業和海爾、海信、澳柯瑪等重點稅源企業的稅收管理工作；稅源管理四處負責青島經濟技術開發區長江路辦事處區域所轄內資企業和重點商貿企業的稅收管理工作；稅源管理五處負責青島經濟技術開發區黃島、薛家島辦事處區域所轄內資企業和黃島發電廠、前灣港、及正在籌建的大煉油和北海船廠等重點稅源企業的稅收管理工作。