因清產核資而產生的資產增值的會計處理，應按現行會計制度和《財政部關於清產核資試點企業會計處理的規定》(財會字[1993]80號)進行會計處理，即企業主要固定資產重估後，經驗收核實後，應相應調整固定資產的賬面價值。
固定資產經重估增值的，按增加額借記“固定資產”科目，按固定資產凈值增加額貸記“資本公積-其他資本公積(資產增值)”科目，按差額貸記“累計折舊”。
清產核資期間，清理出的企業表外資產，借記相關資產科目，貸記“資本公積”、“累計折舊”等科目。
對客觀原因造成的資產凈損失進行清理，先轉入“待處理財產損失溢余”，經核實後，根據不同情況進行處理:沖減公積金，借記“盈余公積”、“資本公積”，貸記“待處理財產損失溢余”；不足部分用公積金沖減的，沖減實收資本，借記“實收資本”，貸記“待處理財產損溢”。
企業在清產核資過程中增加的資本公積，按照清產核資政策規定，沖減各項資產損失後，如有余額，應轉入實收資本，借記“資本公積”，貸記“實收資本”。可見，由於清產核資而產生的資產增值，除“資本公積”外，在會計上均不予確認。
所得稅方面的稅務處理，清產核資中發生的資產評估增值稅的處理與會計基本壹致。中華人民共和國財政部、國家稅務總局《關於企業資產評估增值有關所得稅處理問題的通知》(財稅字[1997]77號)規定，納稅人在清產核資過程中取得的固定資產增值凈額，不得計入應納稅所得額。中華人民共和國國家稅務總局《關於城鎮集體企業清產核資稅務財務處理若幹規定的通知》(國稅發[1998]55號)規定，全國統壹組織的城鎮集體企業清產核資增值部分不征收所得稅，相應折舊可在稅前扣除。
房產稅和印花稅方面，固定資產經過評估增值的部分，應當照章繳納房產稅和印花稅。