第壹步:確定工資總額。目前公務員的工資由崗位工資、等級工資、生活津貼、工作津貼和艱苦邊遠地區津貼五部分組成。此外，還有獨生子女補貼、托幼補貼、生育津貼、生育醫療費、生育保險補貼、廉租房貨幣補貼、職工個人獎金等，這些都應納入公務員工資薪金總額，即先確定公務員工資薪金總額。
第二步:取消各種免稅補貼和津貼。根據上述規定，生活津貼、工作津貼、艱苦邊遠地區津貼、獨生子女津貼、兒童保健津貼、生育津貼、生育醫療費、生育保險津貼、廉租住房貨幣津貼等。在公務員工資總額中，以及在規定比例內繳納(代扣)的住房公積金，在計算個人所得稅時應剔除在總收入之外。
第三步:確定工資總額之外的福利和工會支付給職工的應納稅所得額。根據上述規定，公務員從福利基金和工會經費中取得的超過國家規定比例或者基數的各種補貼、補助，應當計入工資薪金收入。此外，從福利費和工會經費中支付給本單位職工的補貼和補助，也應計入工資薪金總額。
第四步:計算應繳納的工資薪金個人所得稅。
如某科長2008年6月領取崗位工資510元，等級工資847元，生活津貼和工作津貼950元，艱苦邊遠地區津貼75元，獨生子女津貼10元，壹般獎金200元。再加上300元，從福利基金和工會經費中拿到大家應得的福利用品，扣除360元，住房公積金，通過公益組織向地震災區捐款100元，所以科長工資總額為:
510+847+950+75+10+200 = 2592元
應納稅所得額為:
2592-950-75-10-360-100+300 = 1397元
因為科長6月5438+10月工資收入為1397元，少扣了2000元，所以科長在6月5438+10月沒有繳納個人所得稅。但按照目前壹些權威機構掌握的計算方法，科長應繳納的個人所得稅為(2592-2000) 10%-25 = 34.20元。
需要註意的是，目前部分國家機關尚未全面落實公務員工資新政策，公務員在這些單位按照國家統壹規定發放的補貼、津貼、副食品補貼、獨生子女補貼、托幼補貼、差旅費補貼、誤餐補貼等不能征收個人所得稅。