國家稅務局實行中央、省、市縣的垂直領導體制。1994年實行分稅制改革時，將原來的稅務局分設為國家稅務局和地方稅務局。民間有要求將國家稅務局與地方稅務局合並的呼聲。國家稅務局主要負責征收中央稅以及中央與地方***享稅等稅收，地方稅務局主要負責征收地方稅等（詳細分工略）。國家稅務局與北京的國家稅務總局是兩個不同的概念。
主要職能
（壹）擬定稅收法律法規草案，制定實施細則；提出國家稅收政策建議並與財政部***同審議上報、制定貫徹落實的措施。
（二）參與研究宏觀經濟政策、中央與地方的稅權劃分，提出完善分稅制的建議；研究稅負總水平，提出運用稅收手段進行宏觀調控的建議；制定並監督執行稅收業務的規章制度；指導地方稅收征管業務。
（三）組織實施稅收征收管理體制改革；制定征收管理制度；監督檢查稅收法律法規、方針政策的貫徹執行。
（四）組織實施中央稅、***享稅、農業稅及國家指定的基金（費）的征收管理；編報稅收長遠規劃和年度稅收收入計劃；對稅收法律法規執行過程中的征管和壹般性稅政問題進行解釋；組織辦理工商稅收減免及農業稅特大災歉減免等具體事項。
（五）開展稅收領域的國際交流與合作；參加涉外稅收的國際談判，草簽和執行有關的協議、協定。
（六）辦理進出口商品的稅收及出口退稅業務。
（七）管理國家稅務局系統（以下簡稱國稅系統）的人事、勞動工資、機構編制和經費；管理省級國家稅務局的正副局長及相應級別的幹部，對省級地方稅務局局長任免提出意見。
（八）負責稅務隊伍的教育培訓、思想政治工作和精神文明建設；管理直屬院校。
（九）組織稅收宣傳和理論研究；組織實施註冊稅務師的管理；規範稅務代理行為。
（十）承辦國務院交辦的其他事項。
國家稅務總局對全國國稅系統實行垂直管理，協同省級人民政府對省級地方稅務局實行雙重領導。