在我國現行的房地產稅費體系中，租、稅、費混合嚴重，具體體現在:(1)以稅代租。城鎮土地使用稅作為土地有償使用的衡量標準，其中包含租金，混淆了稅收與地租的界限。(2)以費代稅。城鎮土地使用稅對以劃撥方式取得土地的內資企業征收，但對外資企業免征。而外資企業要繳納土地使用費(場地占用費)，導致內外資企業稅費並存。(3)以費擠稅。目前我國房地產行業涉及的收費種類繁多，收費總數遠遠超過稅收總數。僅從房地產開發企業的收費項目來看，有的地方就有50多種收費(如城市基礎設施配套費、商業網點費等。).從費用占比來看，各種費用約占銷售收入的35%，相當於營業成本和費用的70%。過高的收費造成了諸多負面影響:壹是導致房地產成本和價格居高不下，嚴重扭曲了房地產商品的真實價值，直接增加了消費者的負擔；二是使房地產開發商和消費者懷疑政府行為的規範性和穩定性，從而影響房地產開發的規模和房地產市場的繁榮；三是抑制了真正意義上稅收的培育和增長，“費大於稅”的局面使得國家稅收政策難以發揮其作為經濟杠桿的調節作用；第四，收費權力屬於基層部門，相對分散，缺乏約束，容易形成競爭性收費局面，直接扭曲收費性質，變成部門創收，更容易滋生腐敗。[1]
據調查，中國城市與城市建設和房地產有關的收費有幾十項，包括中央和省級有關部門批準的合規性收費，以及壹些不合規的收費。壹方面原因是房地產稅制不完善，籌集的稅收太少。作為房產稅的重要組成部分，房地產稅收對於地方政府的重要性不言而喻。房地產收入的缺失必然使地方財政捉襟見肘，而由於稅收管理權限過於集中，地方政府幾乎不可能通過調整稅制來增加收入。另壹方面，允許政府通過基金、收費等形式籌集收入。所以有的地方稅收是以收費來覆蓋的。同時，由於收費單位所有權和管理上的缺陷，具有強烈的內部擴張傾向，最終導致收費過高、稅收擁擠的局面。[2]
2.不壹致的稅收政策。
目前我國房地產稅制采取“內外有別，兩套稅制並存”的政策。具體體現在以下四個方面:(1)兩套所得稅制度。對國內房地產企業征收企業所得稅，對涉外房地產企業征收外商投資企業和外國企業所得稅。(2)兩套房地產稅制和土地稅制。對國內企業征收房產稅和土地使用稅，而對涉外企業只征收城市房地產稅，而且只征稅不動產，不征稅不動產。(3)城市維護建設稅和教育費附加內外有別。城建稅和教育費附加對國內房地產企業征收，對國外房地產企業不征收。(4)耕地占用稅政策內外不統壹。對內資企業占用的耕地征收耕地占用稅，對外資企業不征收。[3]
3.稅收負擔是不公平的。
從稅收方面看，房地產稅側重於建築的增量，即主要稅種設置在不動產的流通和交易環節，而不動產保有期設計的稅種很少，免稅範圍較大。這種典型的窄稅基模式造成了明顯的稅負不公平。稅費過度集中在交易環節，會提高新建商品房的價格，從而帶動整個市場的價格上漲，制約市場的正常生產過程。另壹方面，房地產持有環節的稅費種類太少，阻礙了土地有償使用市場的建立和完善。使用者獲得的大部分土地仍然幾乎無償持有，抑制了土地的正常交易，阻礙了存量土地劃撥入市的進程，使得土地作為資產的作用無法發揮，土地閑置浪費現象越來越嚴重。[4]
我國現行的房地產稅制違背了公平原則，主要表現在以下幾個方面:
1)由於納稅人身份不同，稅負也不同。我國房地產稅有內外兩套稅制。內資企業交房產稅和城鎮土地使用稅，外資企業交城鎮房地產稅，只交房地產稅。房地產不需要交稅，稅負比國內企業低。
2)稅收負擔因經濟行為不同而不同。根據現行房產稅規定，企業使用的房產按房產原值扣除10%-30%後的殘值每年按1.2%的稅率計算，而目前出租的房產按租金收入的12%計算。這壹規定導致了兩種不公平的稅負:(1)位於城市繁華地段的舊房產，由於建造較早，賬面原值較低，但由於地處較好的地段，如果出租，租金往往高於按房產原值稅負相等和按房產租金稅負相等的平衡點。(2)由於其成本較高，位於稍偏遠地區的新房產，有時租金收入會低於房產原值征稅和稅負與房產租金相等的平衡點。這時候自住房產要比出租房產承擔更多的房產稅。因此，現行的房產稅規定，往往只是因為自用或出租的經濟行為不同，就導致同壹房產的稅負不同。
3)稅收負擔因地區不同而不同。我國的房產稅和城鎮土地使用稅是在市、縣、鎮和工礦區征稅，而這些地區以外的房產和土地不征稅。目前很多企業位於房產稅和城鎮土地使用稅範圍之外，在享受公共產品方面與位於城鎮的企業沒有本質區別，但卻不必承擔房產稅和城鎮土地使用稅的納稅義務。特別是在城鎮與非城鎮的交界處，壹些地方同壹條街道兩邊的企業壹邊要交稅，而幾米之外的另壹邊的企業卻不需要交稅，這進壹步凸顯了房產稅和城鎮土地使用稅征稅範圍規定不當。[5]
4.房地產稅收太少，滿足不了地方財政的需要。
我國現有的房地產稅有房產稅、城市房地產稅(外資)和城市土地使用稅。作為地方稅，收入規模太小，滿足不了地方財政的需要。由於房地產稅的征收對象無法隱藏，稅源相對穩定、廣泛且易於控制和管理，在許多國家的房產稅乃至整個地方稅收中占有重要地位。比如美國，房產稅占財產稅的60%，其稅收占地方稅收的40-50%。但我國房地產稅自開征以來規模壹直不大。如2002年，深圳經濟特區(深圳已率先改革，內外資統壹征收房產稅)全年房產稅84574萬元，占地方稅收總額的3.4%，房產稅的財政作用遠未充分發揮。[6]
5.稅收結構不合理。
我國現行房地產稅制的壹個明顯特點是，房地產流通環節稅多、稅重，但房地產權屬環節稅少，稅收優惠範圍大。這樣設置的負面效果是:(1)土地閑置浪費嚴重。土地保有階段稅收少，稅負輕。在流通環節，同時征收多種稅，相當於給了土地所有者無息貸款，即只要土地不進入流通環節，就不需要為土地的升值交稅。這種情況無異於鼓勵土地保有制，讓土地所有者低成本長期持有土地，等待土地價格上漲。同時，為了在合適的時間及時出售土地，土地所有者往往只對土地進行簡單的開發，並以空地或低利用率的形式保留，不利於土地這種有限資源的合理利用。(2)進入市場流通的土地要承擔過高的稅負，抑制了土地流動和正常的市場交易，助長了土地的隱性流動，偷稅漏稅現象增多，從總量上減少了國家的稅收收入。更嚴重的是，直接阻礙了大量現有土地劃撥入市的進程，減少了土地的有效供給，刺激了地價的上漲。(3)由於沒有有效的稅收控制機制，政府無法充分參與增值的分配，只能讓其流向不動產的實際持有人。(4)目前我國對閑置土地和荒地沒有明確的立法，難以通過法律形式對其進行規範，促進其合理利用。在土地使用稅上給予其所有者稅收減免，不利於解決土地利用率低、閑置荒蕪的局面。(5)從國際房地產稅制來看，大多數國家對本國納稅人在境內外擁有的房地產征稅，而中國對本國居民的境外房地產征稅卻沒有法律依據，從而使國家失去了對這部分納稅人財產的征稅權，這不僅會影響國家財政收入，還會侵犯國家的稅收主權。
6.征稅範圍太窄。
我國現行的城鎮土地使用稅和房產稅只在市、縣、鎮和工礦區征收，廣大農村的部分征稅對象被排除在征稅範圍之外；同時，城鎮土地使用稅和房產稅都將國家機關、人民團體、軍隊、國家財政部門劃撥的單位自用不動產和個人非經營性不動產列為免稅對象，使得征稅範圍非常狹窄。應該看到，經過20多年的改革開放，我國目前的制度安排和經濟結構與當初制定這些條例時相比，已經發生了深刻的變化。(1)在經濟轉軌時期，隨著工業化的進程，農村的城市化程度不斷提高，壹些地區已經具備了城市的功能，特別是經濟發達地區的農村，房地產規模迅速擴大，經營場所迅速擴大，完全可以作為國家稅收的穩定來源納入征稅範圍。(2)隨著我國事業單位管理體制的改革，不提供社會公共產品的事業單位將逐步實現市場化和企業化。因為其性質屬於企業，所以必須承擔納稅義務。(3)中國的住房制度改革大大提高了居民住房的商品化程度。高收入群體通常選擇面積大、地段好、服務設施齊全的住房，因此享受更多的社會服務。對居民自住住房完全免稅，不僅使國家放棄了調節居民收入分配的重要手段，也違背了多受益者多繳稅的公平原則。
7.計稅依據不科學。
(1)我國現行城鎮土地使用稅是以納稅人實際占用的土地面積為計稅依據，按照金額征收。這種征稅方式不能隨著征稅對象價值的增加而增加，存在稅源不足、不靈活的缺點，無法起到調節土地級差收入的作用，也無法適當調節土地閑置和土地投機現象。(2)我國現行房產稅的計稅依據分為以房產計稅價值為基礎的從價稅和以房產租金收入為基礎的從價稅。從價房產稅按照房產原值扣除10% ~ 30%後的殘值乘以1.2%的稅率計算繳納。該貼現值基於歷史成本，並不反映房地產的市場價值。壹般來說，先建的物業成本低於後建的物業。以其歷史成本作為計稅依據，勢必將先建房產的稅負轉嫁到後建房產上。這就使得兩個市場價值相同，卻能給實際居住者帶來類似收益的房產，卻因為歷史成本不同而承擔不同的稅負，違背了公平原則。同時，由於房地產的市場價值通常高於其歷史成本，壹旦出售房地產，應繳納的稅款應按照更高的計稅依據計算，這將增加房地產所有者的稅收負擔，甚至阻礙房地產的交易。對租金征收的房產稅，以房產的租金收入(包括貨幣收入和實物收入)乘以稅率12%計算繳納。房子的租金壹般是根據租賃市場來確定的。因此，與基於歷史成本的從價計稅相比，從價計稅的稅負明顯高於前者。除了房產稅，出租房屋還要繳納營業稅、土地使用稅、所得稅等各種稅費，使得出租房屋的綜合稅負非常高，從而導致隱性市場出現大量的偷稅交易。
8.房地產稅收征管中存在的問題。
(1)立法層次低，稅收法規多變。我國現行房地產稅依據的是國家行政機關制定頒布的暫行條例，而不是全國人大或全國人大常委會頒布的稅法，立法層次較低。上世紀50年代開征的壹些稅種，幾經廢止或變更，失去了國家稅法的嚴肅性和權威性。
(2)稅權過度集中於中央，難以符合房地產的區域特點。在分稅制財政體制下，稅權過於集中在中央，地方政府只有征收管理權而沒有立法權，難以適應房地產的區域特點，促進房地產資源的優化配置和有效利用。
(3)稅收征管配套措施不完善。我國現行的財產登記制度不完善，特別是私有財產登記制度的缺失，導致很多稅源流失，出現了將公有財產變為私有財產的違法行為，嚴重影響了稅收征管的力度。同時，與房地產稅密切相關的房地產價格評估體系和房地產稅征收評估稅收政策也不完善。需要註意的是，以市場價值為計稅依據是房地產稅改革的必然趨勢，需要定期對房地產進行評估，這對評估機構和評估師提出了更高的要求。以稅務部門內部現有的房地產估價機構和評估師的素質，難以滿足稅收征管的需要。[7]
(4)現行政策法規不具有可操作性。
第壹，目前國家關於房地產稅收管理的政策由於各種因素，如掛鉤工作效率，不切實際。包幹辦法，很多企業利用這些辦法鉆政策空子，達到少繳稅的目的。第二，現行政策規定真實準確的計稅依據可以稅前列支，但對於什麽是真實準確的計稅依據沒有明確規定，政府在實際操作中難以把握。三是各種規定繁雜，缺乏可操作性。第四，財務制度和會計制度的差異亟待解決。
(5)稅收管理中存在的問題。
壹是企業所得稅集中匯繳審批制度執行不統壹，企業集中匯繳企業所得稅現象依然存在。二是稅收征收管理不嚴格，沒有得到規範和糾正。第三，稅務檢查難以開展，壹方面是由於企業之間合作不夠；另壹方面，收稅局和稽查局的口徑也不壹致。四是稅務機關處罰措施不夠有力，客觀上造成企業偷稅漏稅肆無忌憚，軟抗稅時有發生。[8]