1.是否立案:根據《稅務檢查工作條例》第十三條的有關規定，下列情形應當立案偵查:1、偷稅、逃避追繳稅款、騙取出口退稅、抗稅，非法為納稅人、扣繳義務人提供銀行賬戶、發票、憑證或者其他便利條件，造成稅收損失的。不管數額大小，都要查處。2，沒有這種行為，但是納稅額5000元到20000元以上必須查處。3.印制、偽造、倒賣、非法代開發票、虛開發票、非法攜帶、郵寄、運輸或者存放空白發票、偽造或者私自制作發票監制章和發票防偽專用品。4.如果沒有此類行為，但情節嚴重、影響較大，仍應立案偵查。但在具體工作中，尤其是在確定檢查對象的初期，仍無法確定部分稅務案件是否立案。這種情況可以先按簡易程序進行。但隨著調查的深入，如果發現被調查對象的違法行為已經達到立案標準，就會及時追加，轉入壹般程序。
二、是否通過審判環節:立案稽查的案件必須通過審判環節，否則不必通過審判環節。在實際工作中要註意以下兩個區別:1，已立案但未執行的案件不應通過審判環節。這種情況下應該適用哪種程序，要根據具體情況具體分析。因時間等因素暫時中止檢查的，壹旦實施檢查，仍適用壹般程序，然後將檢查移交到審判環節。2.已經立案審查但尚未審查的案件，不能提交審判。只有檢驗完畢，事實清楚，證據確鑿，才能提交審判，按壹般程序處理。稅務檢查的壹般程序政策性強，程序嚴密。簡單，靈活，簡單。我們應該在日常工作中把兩者有機地結合起來。既要考慮檢查工作的質量，又要考慮行政執法的效率和處理速度，有助於降低檢查成本，這對更好地發揮稅務檢查的作用具有重要意義。