對企業增值稅繳納情況的審核，首先要判斷是否存在壹般意義上的偷稅漏稅的可能性。
(1)銷售變化率和稅率的分析方法。計算公式如下:
1.銷售額變化率=(本年累計應稅銷售額-去年同期應稅銷售額)/去年同期應稅銷售額×100%。
2.稅率=本年累計應納稅額/本年累計應納稅銷售額×100%。
通過計算對比，如果發現銷售額增加，稅額減少，或者稅率比去年同期大幅下降，就很有可能存在偷稅漏稅的情況。
(2)毛利率分析法。計算公式為:
銷售毛利率=(銷售收入-銷售成本)/銷售收入×100%
如果本期銷售毛利率明顯低於上期或上年同期，可能存在外購商品(含應稅勞務)入賬、銷售商品結轉銷售成本而未計入或低估銷售額的問題。
(3)銷量比較法。計算公式如下:
成本毛利率=本年累計毛利/本年累計銷售成本×100%。
將利潤表中的當期銷售成本與利潤表和增值稅報表中的當期銷售額加上按成本毛利率計算的毛利後進行比較，如果表內金額較小且差距較大，則可能存在銷售不入賬、掛賬或瞞報等問題。
二、選擇增值稅審計的重點，從銷項稅額入手。
隨著國家“金稅”系統的建立和防偽稅控系統的完善，企業越來越多地通過計算機開具增值稅專用發票，每月至少壹次將開具的增值稅發票報稅務機關審核。企業要抵扣的每壹筆進項稅，都必須經過稅務機關的認定，否則不予抵扣。所以企業想多扣點稅的可能性不大。面對這種情況，審計人員應及時調整審計方向，從過去同時關註進項稅和銷項稅轉向關註銷項稅。可能有人會問，如上所述，全國大部分企業不都實行電腦開票嗎？甚至很多企業已經拒絕接受手工增值稅發票。有沒有偷稅漏稅的可能？這正是問題所在。在實際的稅務稽查工作中，經常會發現壹些企業利用這種現代化手段掩蓋自己的偷稅漏稅行為，欺騙稽查人員，造成國家大量稅收流失。
三、運用科學方法，多渠道審計偷稅漏稅
(壹)增值稅專用發票代開普通發票問題。這種現象經常發生在銷售給小規模納稅人、消費者或壹般納稅人的非應稅項目中。