農產品加工企業既是免稅農產品的購買者，也是再加工農產品的銷售者。購買農產品的發票可以抵扣計算增值稅進項稅額，銷售加工農產品為應稅產品，征收增值稅銷項稅額。那麽農產品加工企業自己填寫農產品的進貨發票，他的隨意性會導致以下問題:農產品加工企業在開具發票的過程中，有購買幾個或者幾十個產品只開具壹張發票的現象，而且大部分是現金交易。收購業務的真實性難以核查，也為稅務機關代開收購發票提供了極大的可能性，也增加了日常管理和調查取證的難度。由於農產品收購企業持有發票，壹些企業利用增值稅當期進項與銷項相抵，提前或延後調整當期應納稅額，從而人為調整稅款，達到少繳稅或不繳稅的目的。有的企業通過少買多開的方式增加企業增值稅進項稅，使企業成本增加，規避了企業所得稅的征收。壹些農產品加工企業通過高價收購農產品，虛開農產品發票，使企業虛增產量，增加出口銷售，達到騙取國家出口退稅的目的。把農產品收購發票交給企業自己管理，就像法官自己判案，缺乏監督，很難做到公平稅負，依法納稅。
2.農產品收購發票存在問題的原因分析。
農產品生產範圍大且分散，價格波動大，農產品質量參差不齊，給農產品收購企業虛開發票提供了可乘之機，壹些企業在收購農產品時人為低價開價，給稅務機關監管造成了很大困難。稅務機關在檢查企業收購的農產品數量和價格時，由於人力不足，無法逐壹檢查庫存原材料的數量和金額。這些問題的存在是現行稅制的漏洞，是我國稅制的不完善。我們在工作中還發現，壹些不法分子利用自產木材林產品假發票開展銷售活動，導致壹些正常加工經營木材的壹般納稅人企業難以處理農產品收購發票入賬問題。他們通過電話比對認證，甚至出差到發票開具地檢查發票真偽。原因是我國農產品收購發票的管理不在我國增值稅征管範圍之內。目前，稅務機關沒有農產品銷售發票認證和比對的程序和系統。筆者認為，由於農產品銷售發票是增值稅的應稅項目，可以抵扣計算增值稅的進項稅額，建議稅務機關盡快開通農產品銷售發票認證比對系統，像增值稅發票壹樣進入國家金稅工程，即暫時不能開通農產品銷售發票認證比對系統，但應在農產品發票防偽方面多下功夫，使之更加完善。
3.改革企業農產品收購發票使用方式，加強稅收征管。
要制定專門的農產品收購發票制度，特別是農產品發票的使用範圍。
①農民銷售到外地的自產農產品，由當地稅務機關審核確認後代開增值稅專用發票，外地收購企業憑稅務機關開具的自產農產品發票計算抵扣進項稅額。
(2)農場、林場銷售自產農產品開具的對外銷售發票，應加蓋當地稅務機關防偽專用標誌，外國壹般納稅人企業可按照國家規定計算進項稅額抵扣。
(3)加強農產品收購發票管理。對農產品收購發票，要采取查舊購新的辦法，采取票制征收管理的方式。稅務機關應加強對農產品收購企業會計情況的日常管理和檢查。收購企業收購的農產品必須按品種分別核算，賬目中的數量和價格要準確。會計憑證應附有諸如稱重單、倉儲收據和運費收據等文件。對不能提供準確會計信息、成本核算不實的企業，應按銷售額征收應納銷項稅額，重點檢查此類企業的大額購貨發票。對企業信用等級進行分類，財務制度健全、財務成本核算真實準確、減稅正常的企業應劃為A級，財務制度健全、稅負正常的企業應劃為B級，B級企業應加強監管，定期檢查。壹旦出現問題，要上門調查，評估納稅。財務核算不完善、稅負較低的企業定為c級，對於此類企業，應計算銷售產品的農產品消耗量，采用銷售定額的定額法計算農產品進項稅額抵扣。
在利益的驅使下，壹些不法分子鋌而走險，我們應該配合公安部門打擊農產品銷售假發票。由於我國農產品收購發票管理處於我國增值稅征管範圍的邊緣，稅務機關應盡快開通農產品銷售發票認證比對系統，使農產品銷售發票管理進入國家金稅工程。公平、公正、科學、嚴格的稅收管理制度是我們工作的基本原則。隨著我國稅收征管體系的不斷完善，我們相信農產品銷售發票的征管會更加科學公正。