其次，全面實行電子發票制度。電子商務主要依靠認證中心、支付平臺、交易系統、域名管理中心等“支付體系”，為此，建議現行發票制度中增加電子發票種類，通過網絡執行制作、使用、保管、繳銷，規定凡網上交易均應開具電子發票，並將電子發票作為銀行結算的重要憑證，保證電子商務在合法渠道內運營。
第三，完善網上稅務登記和稅款征收。對從事電子商務的企業或個人，建立實名稅務登記制度，獲取且公開唯壹的電子稅務登記號碼及相應證件。對於電商稅款征收實行分類處理，通過交易平臺的，營運商為應繳稅款扣繳義務人；單純性網上交易的，由稅務機關委托電商平臺運營商在支付環節代扣代繳，稅款由稅務總局統壹征繳，分成入庫；既有傳統業務又有電商業務的，按屬地原則直接征收稅款，由所在地稅務部門征收入庫。
第四，建立稅務電子商務服務平臺。建立統壹的稅務電子商務服務平臺，作為電商與稅務機關征納雙方相互交流的載體，並通過平臺強化對電商稅務登記、納稅申報、發票管理、稅款繳納、稅款劃繳分配、異常情況調查處理等事項的管理，起到“網上稅務局”的作用，提高辦稅效率，降低征納成本。
最後，完善稅收分配制度。目前電子商務主要為總部經濟，多集中在大城市，但其消費對象遍及全國各地，在壹定程度上變相將欠發達地區稅收轉移到發達地區。建議對總局征收入庫的電子商務相關稅款，由中央財政根據網上社會商品零售消費數額比例直接劃轉至相應地區。