比如企業所得稅法合並後，按照國際慣例以企業所得稅作為界定納稅人的標準，內資企業所得稅獨立核算的原有標準不再適用。同時規定沒有法人資格的分支機構匯總到總機構統壹納稅。不同的組織形式分別采用獨立納稅和匯總納稅，會對總公司的稅負產生影響。企業可以利用新規定，通過選擇分支機構的組織形式進行有效的稅收籌劃。
企業在組織形式上有兩種選擇:子公司和分公司。其中，子公司是具有獨立法人資格的實體，能夠承擔民事法律責任和義務；分公司是不具有獨立法人資格的實體，需要總公司承擔法律責任和義務。企業組織形式需要考慮的主要因素包括:分支機構的盈虧、分支機構是否享受優惠稅率等。
1.預計適用優惠稅率的分支機構的利潤將以子公司形式單獨支付。
2.估計適用非優惠稅率的分支機構的利潤，選擇分支機構形式，匯總到總公司納稅，以彌補總公司或其他分支機構的損失；即使下屬公司全部盈利，此時匯總納稅也沒有節稅效果，反而可以降低企業的稅收成本，提高管理效率。
3.估計非優惠稅率的分支機構的虧損將由其他分支機構或總公司的利潤彌補。
4.預計享受優惠稅率的分公司將會虧損。在這種情況下，要考慮分行的扭虧能力。如果它們能在短時間內扭虧，就應該采用子公司的形式，否則就應該采用分公司的形式，這與企業的經營規劃密切相關。但壹般來說，如果下屬公司稅率低，宜設立子公司，享受當地低稅率。
在境外設立分公司的，子公司為獨立法人，在設立地國視為居民納稅人，通常承擔與該國其他居民公司相同的綜合納稅義務。但子公司比所在國的公司享受更多的稅收優惠，壹般可以享受所在國給予其居民公司的同等稅收優惠。
如果東道國的適用稅率低於居住國，子公司的累計利潤也可以受益於遞延納稅。但分支機構不是獨立法人，在設立地國家被視為非居民納稅人，發生的利潤與總機構合並納稅。而我國企業所得稅法不允許境內外機構的損益相互彌補。所以，如果在經營期內，分公司經營出現虧損，分公司的虧損不能抵消總公司的盈利。