壹是無法確認相關行政行為是否符合法律規定。在不動產統壹登記之前，原房管、國土、林業、農業等部門依據不同的法律法規履行各自的行政職責，如《城市房地產管理法》、《房屋登記法》、《土地登記法》、《森林和林地權屬登記管理辦法》、《農村土地承包法》等。目前上述規定尚未廢止，不動產登記機構對所涉及的情況不掌握，無法確認該行政行為是否符合法律規定。
二是房屋交易管理責任未移交，多數案件涉及交易糾紛。不動產登記職責整合後，原承擔登記的單位基本不合並，繼續承擔不動產交易管理職責。從武漢市不動產登記部門面臨變更被告的案例來看，大部分其實都是交易糾紛。房管部門本來是把交易和登記壹起辦理的，依據和程序是分不開的。房管部門壹直承擔著交易監管的責任，交易結果和納稅情況是提取房產原始數據進行轉移登記的前提條件。
第三，歷史檔案未移交，無法承擔被告的舉證責任。目前包括武漢在內的壹些地方的不動產登記歷史紙質檔案還沒有移交，不動產檔案分別存在各區房地產管理部門。不動產登記部門如果不了解信息和情況，就無法承擔應訴的責任。
被告的主體要看情況。
實施不動產統壹登記後，包括武漢在內的大部分地方的房地產交易管理部門和房地產登記機構是分離的，房屋交易管理的責任繼續由房地產管理部門承擔，而具體行政登記行為的主體發生了變化，因此行政訴訟中的被告主體應根據具體情況確定。
不動產登記職責整合前原登記部門的登記行為引起的行政訴訟，不動產登記職責整合後當事人對原登記部門的登記行為不服的，行政訴訟被告應當以不動產登記機構和原登記部門為* * *共同被告或者追加第三人參加訴訟。壹方面，原履行登記職責的單位仍然存在，並已掌握相關卷宗、資料，清楚該行政行為的背景、依據和情況，特別是相關紙質歷史檔案尚未移交；另壹方面，整合前的應訴有明確的法律依據。根據最高人民法院辦公廳2016《關於國土資源行政復議和行政訴訟案件審理紀要意見的批復》第二條規定， 不動產登記職責整合前其他登記部門的行政行為引起的訴訟和復議如何確定當事人的問題，應當按照《行政訴訟法》(參照)第二十六條規定的精神處理:公民、法人或者其他組織直接向人民法院提起訴訟的，由人民法院作出行政行為。 並根據2016《國土資源部辦公廳關於辦理不動產登記行政復議案件的通知(試行)》的相關規定:當事人不服原登記部門登記行為的，可以建議人民法院在行政訴訟期間追加原登記部門為第三人參加行政訴訟。據此，原登記部門作為被告或者第三人參與行政訴訟，有利於維護行政行為的合法性和權威性，有利於法院依法查明事實、審理案件。
不動產登記職責整合後的新的不動產登記行為，鑒於部分不動產登記前存在房屋等不動產交易監管行為，也應歸類確認為行政訴訟的主體:屬於不動產交易管理行政行為且未辦理不動產登記的，登記職責整合後，房地產管理部門應當是合格的行政訴訟被告；是不動產交易，房地產管理和不動產登記部門根據各自的法定職責履行因不動產登記引起的交易監管和行政訴訟。* * *作為被告參與應訴，自行承擔舉證責任；因不動產登記確認行政行為引起的行政訴訟(上述兩種情況除外)，由不動產登記機構作為被告承擔。