1.通過扣繳義務人申報:就是向公司申報個人信息。每個月，稅務機關都會向公司推送專項附加扣除的相關信息。公司可以從代扣代繳軟件獲取員工已提交的專項附加扣除信息，計算出員工應代扣代繳的稅款，然後向稅務機關申請全額納稅申報。
2.年度綜合所得自行申報:直接向稅務機關申報，即在單位每月發放工資時正常扣除稅款，然後納稅人在下壹年度到稅務機關進行匯算清繳，並向稅務機關提供相關資料進行退稅。
年度結算有三種方式:自行申報、單位申報、申請人申報。
壹是自行申報，即納稅人自行辦理。
納稅人可自行辦理年度匯算清繳，通過手機App申報。
二是單位申報，即請應聘單位。
由於用人單位全面準確掌握納稅人的涉稅信息，與納稅人聯系密切，有利於更好地幫助納稅人辦理年度匯算清繳，規定納稅人可以通過用人單位辦理年度匯算清繳。
從業單位除了支付工資薪金的單位外，還包括按累計扣繳法從預付勞務報酬中扣繳個人所得稅的單位，主要是保險營銷員、證券經紀人或正在接受全日制學歷教育的實習生。
納稅人向單位請求代理的，由單位辦理，或者培訓、輔導納稅人通過自然人電子稅務局自行完成年度匯算清繳和退(補)稅。
需要註意的是，選擇以單位為單位進行年度匯算清繳的納稅人，需要在年度匯算清繳期內(4月30日前)與單位進行確認。納稅人可以通過郵件、短信、微信等方式進行確認。，與書面形式具有同等法律效力。
為維護納稅人合法權益，規定在納稅人確認前，單位不得為納稅人進行年度匯算清繳。確認後，納稅人需要如實提供本納稅年度內除本單位以外的全部綜合所得，如所得征收、扣除、稅收優惠等，並對信息的真實性、準確性和完整性負責。
三是請人申報，即委托涉稅專業服務機構或其他單位和個人辦理。
納稅人可以根據自身情況和條件，自主委托涉稅專業服務機構或者其他單位和個人(以下簡稱受托人)辦理年度匯算清繳。這樣，受托人需要與納稅人簽訂委托書，明確雙方的權利、責任和義務。
需要提醒的是，單位或受托人在代為辦理年度匯算清繳後，應及時將辦理情況告知納稅人。納稅人發現年度決算申報信息有錯誤的，可以要求第壹孔代為或者自行辦理更正申報。