壹、內涵不同
首先分析壹下瀆職犯罪與工作失誤易混淆的原因，即社會上目前對瀆職犯罪還存在較大寬容心理。“好心辦壞事”、“失誤難免”、“交學費”、“花錢買教訓”等錯誤思想認識，使有關部門在檢察機關查處案件時，易將瀆職犯罪特別是失職型瀆職犯罪以工作失誤相搪塞。失職型瀆職犯罪主要是指玩忽職守類犯罪。事實上，二者定義仍有著明顯區別。
玩忽職守類犯罪，意指國家機關工作人員嚴重不負責任，不履行或不認真履行職責，致使公***財產、國家和人民利益遭受重大損失的行為。在職務犯罪中規定過失瀆職犯罪，是我國和其他社會主義國家刑法的壹個突出特點。其表現在於因為嚴重不負責任而不履行或不正確履行職責。而工作失誤行為則是由於經驗不足、能力水平有限，或因無法預見和不可抗拒的客觀因素影響，雖行為人盡力履行了職責，但仍給國家、集體和人民利益造成損失的行為。其表現在行為人已盡可能地履行了職責，盡到了職責的要求。
二、追責前提不同
瀆職犯罪與工作失誤是兩種不同性質的行為，二者追責前提不盡相同。
1、規範性前提不同。
瀆職犯罪與職務行為有關，如行政執法人員瀆職犯罪與行政法規、條例和行政機關實際工作程序密切聯系。如果行為人沒有違反職責規定，即使發生了重大損失的結果，也屬於客觀上無法預見，是意外事件或工作失誤；如果違反了職責規定，且主觀上應該預見其行為可能發生危害社會的結果，但卻沒有預見，則主觀上存在過失，屬瀆職犯罪。
但在具體辦案過程中，辦案人員時常發現“隔行如隔山”。經常遇到的問題就是涉案人往往辯解自己的行為是工作中的習慣性操作，是因為單位規章制度不健全，不承認自己有罪；或者承認自己有做錯的地方，僅是工作失誤而已。因此，這就需要辦案人員要非常熟悉相關行政法規、熟悉具體操作規定，再對照瀆職罪名的各立案標準，區分罪與非罪的界限。盡管目前各行各業行業規定和管理法規眾多，領域廣、技術性、專業性和政策性強，局外人難以具體掌握。但在具體適用時，壹般都能找到明確的規定。如《土地管理法》中對於建設用地的審批權限有明確規定，立案標準更有壹次性非法批準征用、占用基本農田10畝以上，或者其他耕地30畝以上，或者其他土地50畝以上等細化規定。熟悉並加以準確適用，做到區分罪與非罪界限並不難。
但有兩個問題需要引起註意。壹般來說，行為人是否盡職盡責，恪盡職守，是正確區分瀆職罪與工作失誤所導致的嚴重後果的基本界限。而在機構改革過程中，由於政策界限不清，體制不健全，從而使國家機關工作人員在公務中主觀認識不符合客觀情況，雖然盡職盡責，但還是難以避免工作失誤，導致造成重大損失就不構成瀆職罪。此外，還要區分壹般違反內部規定和觸犯刑法的關系，要根據違規的程度和造成的危害綜合考慮，不能籠統和簡單地把機關內部的工作規定作為認定行為人瀆職犯罪的依據。如根據《關於加強檢察機關稅務機關在開展集中查辦破壞社會主義市場經濟秩序瀆職犯罪專項工作中協作配合的聯席會議紀要》精神，對那些主觀罪過輕，僅僅是違反內部工作規定造成的工作失誤，或由於政策性原因，或在原有制度條件下，壹般公務人員尚難完全達到規定要求，又未造成嚴重危害後果的，應由有關機關作內部行政處理。
2、有關前提罪問題。
有些過失瀆職犯罪，行為人不僅需要違反刑法的禁止性規範，而且還必須在此之前違反了其他法律、法規、規章制度、工作紀律所要求的註意義務。即部分過失瀆職行為以違反除刑法以外的其他法律法規規章等為前提。過失瀆職行為在違法性上的這種特殊性，不僅是過失瀆職犯罪區別於壹般過失犯罪及故意瀆職犯罪的重要標誌，也是過失瀆職犯罪與工作過失區分的關鍵點。如國家機關工作人員簽訂、履行合同失職被騙罪的成立，以失職被詐騙為前提。那麽，這裏的詐騙是否必須構成犯罪。結合本罪客觀上致使國家利益遭受重大損失的規定來看，本罪的前提即詐騙行為應以實質上構成犯罪為必要。所以，在前提罪不構成的情況下，過失型瀆職罪就是工作過失。
三、主觀目的不同
主觀目的是正確區分瀆職犯罪與工作失誤極其重要的方面。工作失誤的主觀動機，往往是行為人想把工作搞好，或想創造性地工作，但事與願違。在工作失誤中，行為人的主觀過失屬於壹般錯誤，客觀上不存在瀆職行為。即其在履行職責的過程中，行為人始終抱著對工作負責任的態度，從主觀願望到實際行為都是積極的，盡心盡職的，往往是因為經驗不足，或者技術水平不高等原因而發生了危害結果。而瀆職犯罪行為人的主觀方面往往是對權力的認識存在偏差，對權力行使的後果未作過厲害思考。行為人雖然主觀上不希望危害結果發生，但客觀上卻未能認真履行自己的職責，不盡職守，馬虎草率，漫不經心等，以致發生了重大的危害結果。在疏忽大意的過失中，行為人沒有預見到可能發生的危害結果，錯誤地認為自己的行為是正確的，能夠實現預期的公務目的；在過於自信的過失中，行為人錯誤地認為自己的行為能夠避免危害結果的發生，進而實現預期的目的。正是在這種錯誤意識的支配下，行為人實施了過失瀆職的行為，造成了危害社會的結果。當然，這兩種情況都必須是嚴重不負責任下的主觀狀態。此外，玩忽職守甚至還存在著主觀惡性更大的罪過形式——間接故意，這是工作失誤所沒有的。
關於主觀目的方面，有必要對以下兩個問題予以重點分析。
1、作為的瀆職犯罪與不作為的瀆職犯罪。
在作為的瀆職犯罪中，行為人屬於主動違反法律規定，在這種情況下，“致使公***財產、國家和人民利益遭受重大損失”的結果應當視為客觀的超過要素，不能因為行為人對後果沒有具體的認識、希望與放任就認為不符合犯罪構成的主觀要件。在瀆職類犯罪中，行為人主觀方面只需要對違反規定有具體認識，對具體危害結果只需要具有概括認識即可，也就是說行為人壹旦違反法律、法規規定行為，則無需討論其主觀動機為何，因為其行為首先就違反了既定的法律秩序，就可能發生行為人當時認識不到的危害結果。
而在不作為的瀆職犯罪中，行為人不履行職責，屬應為而不為，不能將“致使公***財產、國家和人民利益遭受重大損失”的結果視為客觀的超過要素，因為確定“應為”的標準必然包括對“重大損失”的認識。如在需要前提罪成立的瀆職犯罪中，需要行為人主觀上明知或應當知道其瀆職的具體內容涉及他人的犯罪行為，且客觀上行為人對此種犯罪負有履行職權依法查處的職責而故意不依法履行職責或玩忽職守。所以，在犯罪客觀方面需要前提構罪的瀆職罪中，行為人的行為是工作失誤還是瀆職犯罪的首要判斷標準是瀆職行為人主觀上明知或應當知道他人的行為涉嫌或構成犯罪。從這個意義上說，不作為的瀆職行為人的主觀認知依賴於瀆職罪的前提罪。
2、徇“私利”與“公利”的問題。
工作失誤的目的絕不可能也不應當是為了謀求私利。同壹行為，如果有謀求私利動機的存在，工作失誤就成為了工作故意失誤，就可能構成瀆職犯罪。如刑法第四百壹十四條放縱制售偽劣商品犯罪行為罪，是指對生產、銷售偽劣商品犯罪行為負有追究責任的國家機關工作人員，徇私舞弊，不履行法律規定的追究職責，情節嚴重的行為。行為人的犯罪主觀故意和動機顯而易見。
與“私利”相對應的是“公利”。辦案中對於集體濫用職權或者玩忽職守，以及形式上是集體研究但實質上是個人決定的濫用職權或玩忽職守能否定罪，存在異議。最高人民法院《全國法院審理經濟犯罪案件工作座談會紀要》（〔2003〕167號）規定：徇私舞弊型瀆職犯罪的“徇私”，應理解為徇個人私情、私利。國家機關工作人員為了本單位的利益，實施濫用職權、玩忽職守行為，構成犯罪的，依照刑法第三百九十七條第壹款的規定定罪處罰。”最高檢立案標準等相關規定，對除“私情私利”之外，“徇私”是否還包括“徇本單位集體之私”問題沒有明確規定。
筆者認為，刑法分則之所以將“徇私”規定為犯罪要件的主要原因是合理界定犯罪範圍。即將國家機關工作人員因為法律素質、政策水平、技術能力不高而出現差錯的情形排除在瀆職犯罪之外。而所謂“因公徇私”顯然不是由於法律素質、政策水平、技術能力不高的緣故。國家機關工作人員正當履行職責所實現的利益、刑法所要保護的法益就是“公”，非處於實現公利與保護公益的意圖，就應當評價為“私”，“徇單位之私”的說法目前也已為公眾廣為接受。許多公務人員在履行職務過程中，因為對法律的理解不深不透，或者有的因為認為是為了集體為了工作，在具體行為上就有恃無恐，為所欲為，甚至是借口領導同意或領導決定，便不顧及個人行為和制度的約束性，不計後果，因此有必要強化對“因公徇私”具體法律概念的現實效應的評價。綜上，筆者認為“徇私”行為作為壹種主觀故意和動機，其應包含徇“小團體和本單位”利益。單位為“小團體和本單位”利益“徇私”往往比個人操作主張的徇私枉法影響更壞，社會危害性更大。因此，將謀求這類“公利”作為工作過失與瀆職犯罪的區別，亦有助於嚴肅法律權威，防止借口“公利”，將瀆職犯罪包裝成工作過失。