（壹）自我評價
企業按照《認定辦法》中的認定條件進行自我評價，符合條件的，在“高新技術企業認定管理工作網”上進行註冊登記。
（二）註冊登記
企業登錄“高新技術企業認定管理工作網”，按要求填寫註冊登記表，並通過網絡系統上傳，認定小組辦公室及時完成企業身份確認並授權企業提交的用戶名和密碼。此環節在1個工作日內完成。
（三）準備並提交材料
企業委托經備案的中介機構對研究開發費用及近壹個會計年度高新技術產品（服務）收入進行專項審計，登錄“高新技術企業認定管理工作網”，提交以下材料：
1.《高新技術企業認定申請書》；
2.企業營業執照副本、稅務登記證書（復印件）；
3.經備案的中介機構鑒證的企業近三個會計年度研究開發費用（實際年限不足三年的按實際經營年限）、近壹個會計年度高新技術產品（服務）收入專項審計報告；企業需提交經北京技術市場管理辦公室認定登記的技術合同等能夠證明高新技術服務收入的證明材料。
4.經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度的財務報表（含資產負債表、利潤及利潤分配表、現金流量表，實際年限不足三年的按實際經營年限）；
5.技術創新活動證明材料，包括知識產權證書、獨占許可協議、生產批文，新產品或新技術證明（查新）材料、產品質量檢驗報告，省級（含計劃單列市）以上科技計劃立項證明，以及其他相關證明材料。
（四）區縣（園區）組織申報
企業網上提交材料後，將書面材料壹式五份報送到企業註冊所在地的區縣科委或中關村各所在園區管委會（園區內企業送交給各所在園區管委會，園區外企業送交給區縣科委），由各區縣科委和所在園區管委會進行輔導服務後統壹報送北京市高新技術企業認定小組辦公室。區縣科委和園區管委會收到企業有效申請材料後應在3個工作日內送交到認定辦公室。
（五）專家評審
認定辦公室在收到申請材料後，按技術領域從專家庫中隨機選擇不少於5名相關專家，並將企業申請材料分發給所選專家。專家按照規定的評審標準提出評價意見，填寫《高新技術企業認定專家評價表》和《高新技術企業認定專家組綜合評價表》，報送給認定辦公室。專家評審工作在5個工作日內完成。
（六）組織認定
認定辦公室每兩周召開壹次認定會，由認定小組初步確定高新技術企業認定名單，會後由認定小組各成員單位在10個工作日內完成會簽。
（七）公示及頒發證書
經認定的高新技術企業，在市科委網和“高新技術企業認定管理工作網”上公示15個工作日。公示有異議的，由認定小組對有關問題進行查實處理，屬實的取消高新技術企業資格；公示無異議的，填寫審批備案匯總表，報全國高新技術企業認定管理領導小組辦公室備案後，在市科委網站和“高新技術企業認定管理工作網”上公告認定結果，並由認定辦公室在5個工作日內頒發“高新技術企業證書”（加蓋四部門公章）。