1. 稅政管理科
壹、負責地方稅費政策的上傳下達、宣傳輔導及解釋工作，並按照上級政策規定，認真組織貫徹實施；
二、負責組織企業所得稅匯算清繳工作組織與實施；
三、負責營業稅普查及其它各項稅費的專項調查、分析，掌握稅源動態；
四、負責受理減免稅、彌補虧損、財產損失、管理費提取、匯總繳納、工效掛鉤等涉稅事項的審核、報批；
五、協助開展稅收業務培訓工作；
六、協助搞好稅收宣傳工作；
2. 征收管理與法規科
壹、負責組織貫徹執行國家有關稅收征管的法律、法規；
二、負責辦稅服務中心的各項管理工作；
三、負責征收、管理部門的協調、考核工作；
四、負責稅務登記和發票管理工作；
五、負責延期申報、延期繳納稅款的審核及欠稅的管理工作；
六、負責定期定額戶稅收定額的審核工作；
七、負責停業、復業、註銷等其它涉稅事項的審核工作；
八、負責對未按期申報、未按期辦理稅務登記納稅人的違章處理工作；
九、負責稅務行政復議、訴訟及賠償工作；
十、負責組織稅務聽證工作；
十壹、負責稅收執法情況的檢查工作；
3. 規費征收管理科
壹、負責養老保險費、醫療保險費、工傷保險費、失業保險費和生育保險費等社會保險費征收政策法規的上傳下達、輔導及解釋工作，並依據上級政策規定具體組織實施；
二、負責社會保險費征管有關問題的檢查和調研，掌握費源動態，對重點費源進行監控；
三、負責社會保險費延期繳納審批管理工作；
四、配合勞動保障部門編制全區社會保險費的收入計劃，並負責監督檢查計劃執行情況；
五、配合有關部門做好相關政策、法規的宣傳培訓工作；
六、負責協調社保費征收工作中與其他部門的關系；
4. 計劃財務科
壹、負責地方稅費計劃的編制、分配和收入計劃執行情況的分析工作；
二、負責經濟稅源調查研究和分析預測，掌握稅源變動情況；
三、負責經費收支的核算、管理工作；
四、負責稅收票證的管理、檢查工作；
五、負責稅票銷號、對賬、稅收會計核算及稅收收入統計工作；
5. 辦公室
壹、負責起草本局綜合性文件、審核局機關發文和文件的收發、運轉及機要文件的保管、傳閱、清退及文書檔案管理工作；
二、負責區局綜合性會議的組織和會務工作；
三、負責上級布置的工作事項及區局辦公會議確定的主要工作的催辦、督辦；
四、負責稅收宣傳、信息、調研工作，編發本局信息刊物；
五、負責區局車輛調配使用、駕駛員管理、幹部職工制服發放、辦公用品購置供應、安全保衛、環境衛生等行政事務工作；
六、負責區局固定資產的購置、調配、統計等管理工作；
七、負責區局辦公用房的基建和維修；
八、負責受理人大代表、政協委員提案及群眾來信來訪；
九、負責外來人員的接待工作；
6. 信息技術科
壹、負責廈門市地方稅務局稅收信息化系統的推廣和應用。
二、負責收集、整理區局各科室、分局反映的稅收信息化系統應用問題，並及時解答或轉報信息技術分局解決。
三、負責區局全體幹部職工的計算機知識和應用系統操作培訓。
四、負責區局所有計算機設備的維護以及計算機病毒的防護。
7.人事教育科
壹、負責組織機構設置、人員編制的具體落實工作；
二、按照幹部管理權限和國家公務員暫行條例規定，負責幹部職工的交流、考察、任免、轉正定級、辭職、辭退和獎懲工作；
三、負責組織崗位責任制的考核及幹部年度考核工作，辦理有關人事方面的來信來訪工作；
四、負責勞動工資的管理工作；
五、負責離退休幹部管理工作；
六、負責人事檔案管理工作；
七、負責考勤管理工作；
八、負責臨時人員管理工作；
九、協調做好幹部職工崗位培訓、學歷教育等工作；
十、協調做好思想政治工作，及時掌握幹部職工思想動態；
十壹、協調開展文明創建活動，抓好各項措施的落實；
8. 監察室(效能辦)
壹、監督檢查稅務機關及其工作人員貫徹執行國家稅收法律、法規、政策和規章制度的情況;
二、受理對稅務機關及其工作人員違法違紀行為的檢舉、控告以及稅務機關及其工作人員不服政紀處分的申訴;
三、調查處理稅務機關及其工作人員違法違紀的行為;
四、負責廉政制度建設、實施與監督;
五、協調開展行風建設工作。
六、負責辦理上級交辦的其它事項。
七、負責制定區局效能建設工作方案、措施，並組織實施；
八、負責收集、報送有關效能建設工作開展情況的信息；
九、負責組織開展效能建設內部檢查、督導和考核工作；
十、負責受理對稅務機關及其工作人員在效能建設工作中存在的違諾、違規和違紀行為的投訴和舉報，並按規定組織調查處理工作；
十壹、負責向市地稅局效辦報送效能建設工作調研、總結及有關材料；
十二、負責機關效能建設績效考評的組織與實施；