南昌市政府擅自減免新增建設用地有償使用費，造成國有土地資產流失，後果嚴重。楊洪基、章小剛在上述違法問題中負有主要領導責任。
依據《土地管理法》、《關於違反土地管理規定行為行政處分暫行辦法》（原監察部、國土資源部令第9號），報經國務院同意，國土資源部提出由江西省人民政府責令南昌市政府依法追繳流失的國有土地資產的處理意見。
江西省紀檢監察部門分別給予江西省外經貿廳廳長楊洪基（南昌市原常務副市長）、南昌市高新技術開發區工委副書記、管委會副主任章小剛（青山湖區原區長）行政記大過處分。對南昌市國土資源局有關人員的失職行為，由江西省紀委、監察廳調查處理。
分析本案主要涉及政府擅自減免用地單位規費的問題。
根據《土地管理法》第五十五條的規定，“新增建設用地的土地有償使用費，百分之三十上繳中央財政，百分之七十留給有關地方人民政府，專項用於耕地開發”，而南昌市政府擅自減免新增建設用地有償使用費與法律規定明顯不符。在各地招商引資發展經濟的擴張沖動驅使下，壹些地方不惜降低土地準入門檻，甚至出現所謂“零地價”。應該說，地方政府在招商引資過程中，根據我國稅法的相關規定，對企業給予適當的優惠是可取的，但絕不可以擅自減免新增建設用地的土地有償使用費或土地出讓金，造成國有資產的流失。
南昌市擅自減免新增建設用地有償使用費，造成548.9萬元國有土地資產流失，數額巨大，後果嚴重。因此，僅僅給予責任人行政記大過處分，處罰明顯偏輕。
在本案中，南昌市國土資源局與會人員沒有提出不同意見，是嚴重的失職行為。對於政府違反土地管理規定的決策，國土資源管理部門應當從法律的角度，提出明確意見，這既是對本部門、本系統負責，也是對政府負責。