商州最早有記載的手工業作坊是南燕慕容詳建始元年（397）在商山建立的冶煉作坊。隨後唐宋時期銅、鐵、金、銀、鉛、朱砂、水銀、煤等冶鑄采掘業逐漸發展。到元、明、清時，陶瓷、磚瓦制造、紡織、造紙、編織等業相繼出現。民國初期，手工業得到繼續發展。日本侵華戰爭爆發後，沿海工業企業內遷，在壹定程度上影響和刺激了本縣手工業的發展。民國28年（1939），龍駒寨民族資本家屈蔚生投資法幣1萬元興辦起“民生紙廠”。商縣銀行行長楊永春以股份制集資法幣3000元，於城內西街建起“協和紡織廠”，生產白洋布和毛巾。後相繼開辦的工廠還有農豐煙廠和大荊紡織廠等。民國30年（1941）後，豫西戰事緊迫，軍隊雲集商縣，攤派糧款甚重，人民生活貧困，城鄉手工業遭到嚴重破壞。到1949年，商縣工業生產門類僅有造紙、紡織、縫紉、印染、印刷、陶瓷、磚瓦制造、采煤等，主要手工業產品為原煤、石灰、磚瓦、土紙、植物油、蘆席和鐵制小農具等。
造紙業清乾隆年間（1736～1795），商州南秦川的蘇姓、羅姓兩戶始用構穰加石灰水的方法制造抄紙出售，後鄉民效仿，從業者眾多。道光末年，蒲城造紙工匠張超來到柏朵山，將破爛麻布摻於構穰之中造紙，提高了抄紙的質量。到民國初期，南秦川紙坊已達300余家，紙品產量大增。本省西安、華陰等地及甘肅、山西、河南等省客商組幫來商販運，成為當時商州出境的大宗手工產品。抗日戰爭時期，土紙供不應求，地方政府於民國27年（1938）聘請造紙專家裴鴻光來商指導，裴擬定了改造抄紙式樣、增大紙張抗水性、提高易書寫性能等改良方法，縣府印發各紙坊遵照執行。民國29年（1940），縣府督飭民仁鄉（今楊峪河鄉）組織造紙生產合作社，貸款定購壓光機，選派造紙工人赴西安造紙試驗場學習。采用新技術所造的紙張，質細潔韌，易印書畫，抗水性強，西安各報社爭相采購。到1949年，南秦川造紙坊多達400余家。此外，大荊、西荊還有專造黑皮紙的作坊10余家，劉家莊、腰市王家灣也有造紙作坊。
紡織業明代商州撫治張問明用葛教民織布。清時，城鄉婦女俱能紡棉織布。民國20年（1931），城內建起織襪作坊，有織機5架，日產襪60雙。至民國25年（1936）因產品滯銷而停產。民國27年（1938）又恢復生產，3年後歇業。民國28年（1939），商縣銀行行長楊永春集股10人，投資法幣3000元，購織機2臺，毛巾機3臺，聘請西安技師在西街開辦“協和紡織廠”，為商縣首家機器生產工廠。民國30年（1941），大荊鎮紳商集資購置機器10臺，仿制木織機10余架，創辦“民生紡織廠”。但兩廠皆因洋紗價昂，雜捐繁重，投產1年即停辦。
縫紉業民國元年（1912），城關趙姓裁縫首置縫紉機1臺縫制時裝。到民國23年（1934），城內機器縫紉鋪有5家，民國28年（1939）增至20余家。到1949年，城內縫紉鋪***有26家。黑龍口、沙河子、黑山等農村集鎮也有少許縫紉店鋪。
印染業清時，商州城鄉染房概用龍駒寨土靛加石灰水入布成色。民國時期，洋紅洋青等染料進入商縣，染房皆即采用。民國28年（1939），城內印染房有16家，每坊年產常色藍印花布約300匹以上，所印花色圖案有七點梅、蓮鯉生子、二龍戲珠、獅子滾繡球等。到1949年城內***有印染房24家。
陶瓷制品業清康熙年間，州西南顯神廟有東西二窯，燒制缸、甕、盆、罐、盞等，統名“商瓷”。大趙峪、北泉村俱造砂鍋、砂罐、盆、罐等。大荊前峪山燒制的砂鍋，遠銷鎮安等地。熊耳山、資峪溝（今屬丹鳳縣）的甕窯，專產甕、缸、盆等。草廟溝、上秦川等地也有小規模的瓷窯。
磚瓦業明萬歷年間，商州的磚瓦制造已有規模。清康熙時，大趙峪、北泉村的磚瓦窯已有名氣。據民國29年（1940）統計，境內有磚瓦窯300余處，大窯可裝瓦2萬頁，磚5000塊，小窯裝磚瓦8000塊（頁）。除燒制普通磚瓦外，並能燒制上釉透亮花脊、印板、脊獸、雲瓦、簡瓦、滴水瓦、狗頭瓦等。
印刷業民國25年（1936），商縣始有石印機1～2部，主要印制名片、信封等小件。民國28年（1939），石印機增至6部。到1949年，城區有石印館3家，主要印制信紙、信封、公文紙和簿冊等文化用品。
制煙業民國10年（1921），城內西街李春祥、李春彥兩人請河南煙匠王氏開辦“銜福堂”煙坊，采購河南淅川、盧氏、甘肅平涼等地煙葉，炮制成水煙銷售。民國28年（1939），城內又陸繼開辦水煙作坊8家。隨後因紙煙進入市場，水煙逐漸消失。民國36年（1947），西街陳文選、閆保善等30戶籌資3000元，購卷煙機1臺，創建農豐卷煙廠，日產紙煙5000支。次年4月，因不堪稅負而倒閉。
食品飲料業民間婚嫁壽誕等所需的糕點、掛面、糖果、酒等食品飲料均為鄉民中巧匠所制造，無固定的生產作坊。民國18年（1929），西關劉氏開辦制糖作坊，以玉米為原料，熬制梨膏糖、麻糖、金瓜糖等出售。次年，土巷趙姓釀造黃酒出售。
榨油及制蠟業本地所產榨油原料較多，如黃豆、蓖麻、棉籽、藥籽、麻籽、芝麻、核桃、桐籽等。方法有壓榨、絞榨、撞榨等，城鄉土榨油坊較多。民國時期，本地所產油除供應鄉民自食外，核桃油、桐油等還銷於西安等地。此外，鄉民普遍用漆油、木油制蠟，多為祭奠之用。民國時期，多運銷於洛南、華陰等地。
其它行業本地走鄉串戶的工匠有木匠、泥水匠、石匠、篾匠等，其業多以血親相傳，半工半農。黑龍口、赤水峪等處篾匠制作的竹籠、背籠、蒲籃等俏銷各地。 明萬歷年間（1574～1619），商州有耕地164938畝。清順治七年（1650）有耕地185600畝。乾隆七年（1742）有耕地267000余畝。民國35年（1946）有耕地447483畝，人均占有耕地6.1畝。 中華人民***和國成立後，1949年全縣有耕地570173畝，1952年全縣耕地面積606730畝，1980年全縣耕地面積為484511畝。1988～1992年的土地資源調查成果表明，1990年全市耕地面積715231.4畝（當年統計年報面積399494畝），其中灌溉水田9039.5畝，水澆地45940畝，旱地656669.6畝，蔬菜地3559.3畝，望天田23畝。 耕地主要分布在丹江、腰市、南秦、板橋等河流兩岸的階地、河谷盆地和低山緩坡地帶。垂直分布主要在海拔1000米以下的低山丘陵和河谷盆地。耕地在各地貌區的分布是：低山丘陵區面積308693.8畝，占總耕地面積的43.16%，本區耕地旱地較多，占全市旱地的47.02%，主要為坡地、梯旱地，土層較厚，土壤肥沃;河谷川塬區面積258431.1畝，占耕地總面積的36.13%，本區平地較多，土層較厚，土壤肥沃，水利條件好，農業集約化程度高，有“白菜心”之稱;中高山區面積148124.5畝，占耕地面積的20.71%，本區耕地以坡地、輪歇地為主，土質差，跑水、跑土、跑肥，水土流失嚴重。
截至2003年，全區建立了劉灣中藥材示範園、楊峪河丹參、張村桔梗等18個無公害藥源基地，劉灣大蒜、沙河子胡蘿蔔、楊峪河雙孢菇等6個無公害蔬菜、食用菌基地，孝義、沙河子、牧護關、大荊等9個無公害畜產品基地。全區發展中藥材10萬畝，總產值達1億元；蔬菜6.5萬畝，總產值達7875萬元；食用菌袋料栽培550萬袋，天麻200萬平方米，總產值達5300萬元；高農業，健康發展肉、蛋、奶類產量分別達到17800噸、5000噸、900噸，畜牧總產值達1.1億元。同時，以牧護關避暑山莊等生態旅遊項目為龍頭，促進當地紫豆角、水雜果等天然無公害農產品的發展。“商山桔梗”“孝義黃芩”“商州天麻”、“孝義柿餅”、“黑龍口白條肉”、“黑龍口豆腐”、“大荊畜禽”等農產品已在省內外有了壹定的品牌效應。 商州區地處秦嶺腹地，氣候溫和，雨量充沛，是中草藥最佳適生地。境內現有野生中藥材800余種，掛牌出售140余種，素有“天然藥庫”之稱，是陜西天麻、桔梗、二花、黃芪等名貴藥材的主要產地。
截至2012年，商州區大力實施“產業強區”戰略，結合農村產業結構調整，積極發展中藥材生產，全區中藥材產業初具規模。2003年，種植面積達到10萬畝，產量3.5萬噸，產值1億元，比2000年分別增長25%、13倍和16%。建成了劉灣百畝中藥材示範園，楊峪河丹參基地，大趙峪梁鋪、白楊店唐寨子、於塬3個千畝黃姜基地，大荊硯川千畝丹參基地，孝義千畝黃芪、千畝板蘭根基地，張村千畝桔梗基地等18個有壹定規模的藥源基地。黃姜、丹參、天麻、桔梗、黃芪、柴胡、板蘭根、黃芩、丹皮、白術、二花、五味子、山茱萸等13個骨幹品種得到了長足發展，其中丹參已於2003年通過國家級GAP認證，柴胡、桔梗、黃芩GAP項目開發正在爭取國家認證。全區成立了10個中藥材產業協會，在藥農培訓、中藥材推銷等方面發揮著積極作用。