1，起付標準以下部分由個人賬戶歷年結余資金支付，不足部分由參保人承擔；
2.起付標準以上，最高支付限額以下部分由統籌基金支付85%，其余部分由個人賬戶歷年結余資金支付。如果還有不足支付的部分，由被保險人承擔；
3、最高支付限額以上的部分，由附加基金支付80%，參保人個人承擔20%。
註:上海住院社保報銷門檻為1500元，最高支付限額為55萬元。
住院治療(包括急診觀察室觀察)。上海市城鄉居民參加醫療保險每次住院發生的醫療費用設定最低支付標準，具體為:壹級醫療機構50元，二級醫療機構100元，三級醫療機構300元。超過起付標準以上部分的醫療費用，居民醫療保險基金按以下比例支付:
60周歲及以上老年人，以及重度殘疾人，在社區衛生服務中心(或壹級醫療機構)住院的，支付90%；二級醫療機構支付80%；三級醫療機構支付70%。
60周歲以下人員在社區衛生服務中心(或壹級醫療機構)住院的，支付80%；二級醫療機構支付75%；三級醫療機構支付60%。
法律依據:
中華人民共和國社會保險法
第二十八條符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準和急診、搶救的醫療費用，按照國家規定由基本醫療保險基金支付。
第二十九條參保人員的醫療費用應由基本醫療保險基金支付的，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。
社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。