（壹）企業自我評價。
企業對照本辦法第八條規定的條件，進行自我評價。
（二）準備申請材料。
企業自我評價後認為符合認定條件的，可按本辦法第九條的規定準備申請材料。
企業自行選擇符合下列資質的會計師事務所或稅務師事務所等中介機構，對研究開發費用以及高新技術產品（和服務）收入進行專項審計。
（1）具備獨立執業資格，成立3年以上，近3年內無不良記錄;
（2）機構中註冊會計師占職工總人數的比例不低於20%，職工人數在20人以上;
（3）熟悉高新技術企業認定工作相關政策。
符合資質的會計師事務所或稅務師事務所等中介機構的相關證明材料在企業申報時壹並附上，但根據本辦法第十五條的規定在有關網站（上海科技網，上海財稅網，）上公告的會計師事務所和稅務師事務所除外。
（三）網上註冊登記。
在“上海市高新技術企業認定管理工作網”（）上登錄,按要求填寫註冊登記表（《工作指引》附件1），並通過網絡系統上傳。根據註冊獲得的用戶名和密碼進入網上認定管理系統，按要求提供申請材料。企業在網上成功提交後，應在網上打印具有“stcsm”水印的材料，並與相關的復印件，壹並提交給各區（縣）科委、高新區各個分園有關管理部門。具體受理時間、地點在上海市高新技術企業認定管理工作網上公告。
（四）審查認定。
各區（縣）科委、高新區各個分園有關管理部門分別對各自區域內企業申報高新技術企業認定的材料進行形式審查，核對電子文本和書面文本，核查復印件原件等，並在復印件上加蓋“復印件、掃描件與原件壹致”印章，經審查確定材料完備、真實後，出具正式受理證明，同時將通過形式審查的書面材料及其正式受理證明報送認定辦公室。
認定辦公室將企業的申請材料按技術領域分類，從專家庫中隨機選擇不少於5名相關專家，並將電子材料通過網絡工作系統分發給所選專家進行網上評價。
專家按照獨立公正的原則進行評價，填寫《高新技術企業認定專家評價表》（《工作指引》附件4）、《高新技術企業認定專家組綜合評價表》（《工作指引》附件5），並按要求上傳給認定辦公室。認定辦公室收到專家的評價意見後，對申請企業提出認定意見，確定擬認定的高新技術企業名單，報請認定指導小組審定。
（五）公示與公告。
經認定的高新技術企業，在“上海科技網”、“上海市高新技術企業認定管理工作網”和“全國高新技術企業認定管理工作網”上公示15個工作日，公示有異議的，由認定辦公室對舉報的有關問題進行核查，核查屬實的，取消高新技術企業資格。
公示無異議的，在“上海科技網”、“上海市高新技術企業認定管理工作網”和“全國高新技術企業認定管理工作網”上公告認定結果，並由認定辦公室頒發統壹印制的“高新技術企業證書”（加蓋市科委、市財政局、市國稅局、市地稅局印章）。