上遊公司虛開但交了稅，通俗點說就是公司虛構了交易、出售無實際產值商品或服務等行為，並通過虛開發票等手段獲取增值稅用於抵扣自身繳納的稅款。這種行為違反了稅收政策和相關法律法規，可能涉及到兩項罪名：偷稅漏稅罪和虛假記賬罪。對於偷稅漏稅罪，可能會受到罰款、追繳稅款、吊銷營業執照等懲罰；對於虛假記賬罪，可能會面臨罰款和監禁等懲罰。此外，在行政管理方面也會受到相應的處罰，如公安機關可以予以行政拘留。因此，對於上遊公司虛開但交了稅的行為，必須及時整改並承擔相應的法律責任。建議公司加強內部風控，建立完善的財務賬目體系，確保合法納稅和遵守相關法規。同時，應了解稅收政策和法規的變化，積極配合稽查機關進行稅務檢查和審計，盡可能地避免可能涉及到的風險和損失。
如果上遊公司是無意識地虛開了發票，也會受到處罰嗎？是的。虛開發票本身就屬於違法行為，無論是否有意識都不能免除法律責任。但是在司法實踐中會考慮到公司是否有良好的財務管理制度以及是否主動查證銷售方的真實情況等因素，對於情節較輕的可以予以從輕或減輕處罰。
上遊公司虛開但交了稅是違法行為，對公司和個人都會帶來巨大的風險和損失。建議企業加強內部財務管理，增強對稅收政策和法規的了解，盡可能地避免納稅風險。同時，壹旦發現存在虛開發票等問題，應及時整改並承擔相應的法律責任。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》第三十八條 納稅人、義務代扣代繳人應當按照稅法規定的應稅項目、應稅額和稅率，如實申報納稅，不得有虛假記載或者隱瞞所得等行為。