深圳工資個人所得稅是按照應繳納所得額來計算，計算方法為（工資收入-專項附加扣除-社保繳費）*稅率。其中工資收入-專項附加扣除-社保繳費計算的是應交安所得額，年度應繳納所得額在6萬元以下的，免收個人所得稅。
根據《中華人民***和國個人所得稅法》第六條應納稅所得額的計算：
（壹）居民個人的綜合所得，以每壹納稅年度的收入額減除費用六萬元以及專項扣除、專項附加扣除和依法確定的其他扣除後的余額，為應納稅所得額。
（二）非居民個人的工資、薪金所得，以每月收入額減除費用五千元後的余額為應納稅所得額；勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得，以每次收入額為應納稅所得額。
（三）經營所得，以每壹納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失後的余額，為應納稅所得額。
（四）財產租賃所得，每次收入不超過四千元的，減除費用八百元；四千元以上的，減除百分之二十的費用，其余額為應納稅所得額。
（五）財產轉讓所得，以轉讓財產的收入額減除財產原值和合理費用後的余額，為應納稅所得額。
（六）利息、股息、紅利所得和偶然所得，以每次收入額為應納稅所得額。
擴展資料：
《中華人民***和國個人所得稅法》第十二條納稅人取得經營所得，按年計算個人所得稅，由納稅人在月度或者季度終了後十五日內向稅務機關報送納稅申報表，並預繳稅款；在取得所得的次年三月三十壹日前辦理匯算清繳。
納稅人取得利息、股息、紅利所得，財產租賃所得，財產轉讓所得和偶然所得，按月或者按次計算個人所得稅，有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次代扣代繳稅款。
國家稅務總局——中華人民***和國個人所得稅法