辦理程序：加工貿易手冊核銷分為便捷審核、常規審核、重點審核三種處理方式。
便捷審核方式辦理程序：接單、審核、結案、發單。
常規審核方式辦理程序：接單、審核、科長審核、結案、發單。
重點審核方式辦理程序：接單、審核、科長審核、關（處）長審批、結案、發單。
應當提交的資料：
經營企業申請辦理加工貿易手冊核銷應提供以下單證：
（壹）經營企業的《加工貿易手冊》（包括所有續本和分冊）；
（二）加工貿易專用進出口報關單(含深加工報關單、剩余料件結轉報關單、內銷征稅報關單等)、進出口集中報關貨物申報單；
（三）稅單、國內購料的需提供發票（海關驗核正本後收取加蓋企業印章的復印件）；
（四）《核銷申請表》（壹式兩份）；
（五）涉案合同應提供處罰決定書、繳款證明材料（海關驗核正本後收取加蓋企業印章的復印件）；
（六）放棄保稅貨物的，海關提取變賣處理單證或監銷證明；
（七）《行政許可受理審核作業表》；
（八）受災保稅貨物的核銷還需提供以下材料：
1、商務主管部門簽註的意見；
2、保險公司出具的保險賠款通知書或檢驗檢疫部門出具的有關檢驗檢疫的證明文件；
3、海關認可的其他有效文件。
（九）申請核銷遺失手冊的，需提供處罰決定書、繳款證明材料（海關驗核正本後收取加蓋企業印章的復印件）。
辦理時限：辦理加工貿易手冊核銷手續應在受理報核之日起20個工作日內完成。20日內不能完成的，經關（處）長批準，可以延長10日，並應當制發《延長海關行政許可審查期限通知書》，將延長期限的理由告知申請人。
收費標準及依據：不收取任何費用
辦理依據：
（壹）中華人民***和國海關法（主席令〔2000〕第35號）
（二）中華人民***和國海關關稅條例（國務院令〔2003〕第392號）
（三）海關總署關於印發《中華人民***和國海關關於異地加工貿易的管理辦法》的通知（海關總署令第74號）
（四）中華人民***和國海關關於加工貿易邊角料、剩余料件、殘次品、副產品和受災保稅貨物的管理辦法（海關總署令第111號）
（五）中華人民***和國海關對加工貿易貨物監管辦法（海關總署令第113號）
（六）中華人民***和國海關實施《中華人民***和國行政許可法》辦法（海關總署令第117號）
（七）海關總署、商務部公告2004年第19號（海關總署 商務部關於清理加工貿易逾期未核銷手冊的公告）
（八）海關總署公告2005年第9號（海關總署關於加工貿易監管中有關問題的公告）
（九）中華人民***和國海關總署公告2005年第57號(海關總署關於啟用《中華人民***和國海關加工貿易手冊》的公告)
辦事表格：
《行政許可受理審核作業表》
摘自深圳海關網上服務大廳辦事指南