審計檔案是國家檔案的重要組成部分。第三條本規定所稱審計檔案工作，是指審計機關對審計檔案的收集、整理、保管、利用、匯編、統計、鑒定和移交，以及對下級審計機關審計檔案管理的指導和監督。第四條審計檔案工作遵循統壹領導、分級管理的原則。審計署主管全國審計檔案工作，同時接受國家檔案行政管理部門的指導和監督；地方各級審計機關的審計檔案工作受上級審計機關和同級檔案行政管理部門的指導和監督。第五條審計署和省、自治區、直轄市審計機關應當設立檔案管理機構；市(地)級審計機關設置專職檔案管理人員；縣級審計機關應當有專職或者兼職檔案管理人員。第六條審計機關檔案管理機構和檔案人員的職責是:
(壹)認真貫徹國家有關審計檔案管理的法律法規，依法建立本機關審計檔案管理的規章制度；
(二)組織、指導和監督本機關各部門審計文件材料的歸檔和立卷工作；
(三)按照國家有關規定，做好審計檔案的收集、整理、保管、利用、匯編和統計工作，為審計工作服務；定期鑒定本機關的庫存審計檔案，按期移交應由同級檔案館保管的審計檔案；
(四)指導和監督下級審計機關的審計檔案管理工作，有計劃地開展檢查、總結、培訓、調研等活動。第七條審計檔案的建立實行誰審計、誰歸檔的責任制，定期總結歸檔；歸檔方式按功能分類，按項目歸檔，按單位排列。第八條審計檔案應包括的文件和資料有:
(壹)審計通知書、審計意見書、審計決定、審計建議、移送文件和其他審計文書；
(二)審計證據、審計工作底稿、審計報告和審計意見書；
(三)審計工作計劃、審定審計報告的會議紀要、檢查審計決定執行情況的記錄；
(四)與審計項目有關的請示、報告、答復、指示、詢問函、復函等文件和資料；
(五)與具體審計項目有關的群眾來信、來訪記錄等舉報材料；
(六)其他應當歸入審計檔案的文件材料。第九條未納入審計檔案的文件和資料包括:
(壹)與具體審計事項無關的行政文件和綜合性審計管理文件；
(二)未作為審計依據或者未經核實的證明材料；
(三)審計所依據的法律、法規、政策文件及其他參考資料中的無關條款；
(四)未經領導批示的草案；
(五)其他不應歸入審計檔案的文件。第十條審計文件、資料應當按項目歸檔，壹個審計項目可以壹卷或者幾卷歸檔。幾個審計項目的文件材料壹般不得合並為壹卷。
跨年度審計項目應在項目審計結束當年歸檔。第十壹條審計檔案中的文件材料壹般應按照結論性文件、證明性文件和項目文件三個單元的順序排列。
總結性文件材料采用逆向審核程序的方法，結合文件材料的重要性進行排列；
書證材料，按照審計報告和審計評價意見所列問題對應的順序，排列審計證據、匯總審計工作底稿、子項目審計工作底稿和審計法律依據；
項目文件材料應當按照文件材料形成的時間順序和文件材料的重要程度進行排列。第十二條審計文件中各文件或文件組之間的排列規則是:
(a)原件在前面，附件在後面；
(二)定稿前、定稿後的修改稿；
(三)答復在前，請示在後；
(四)批示在前，報告在後；
(5)重要文件在前，次要文件在後；
(六)匯總憑證在前面，原始憑證在後面。第十三條審計項目壹經實施，備案負責人應當及時收集該項目的文件材料；審計結束後，歸檔負責人應對本審計項目形成的所有文件材料進行整理、鑒定和選擇，並按照歸檔的方法和規則制作文書。經審核組長或業務部門文書人員審核後，按有關規定進行編目和裝訂。第十四條審計文件材料的歸檔應當以審計項目檔案為依據，歸檔時間不得遲於審計項目結束後的次年6月底。