1. 罰款：根據國家稅收法規，沒有足額使用進項發票進行抵扣的企業可能會面臨罰款。罰款金額可能會根據企業的違規程度和稅務局的具體規定而有所不同。
2. 滯納金：如果企業未能按時完成退稅申請，可能需要支付滯納金。滯納金的計算方式通常基於未退稅款金額和逾期天數。
3. 信用損失：企業信用記錄可能會受到影響，從而影響未來的業務合作和融資。
4. 稅務局審計：稅務局可能對企業進行更嚴格的審計，以確保合規。這可能導致企業支付額外的審計費用和人力成本。
5. 財務成本增加：申請退稅可能需要額外的財務成本，如律師費、咨詢費和其他相關費用。
6. 時間成本：退稅申請和審批過程可能會耗費企業較長的時間，這會影響企業的現金流和生產計劃。
7. 稅收優惠受限：如果企業未足額抵扣進項發票，可能無法享受稅收優惠政策，如研發費用加計扣除、增值稅減免等。
8. 內部管理風險：企業可能面臨內部管理風險，如稅收合規風險、發票管理風險等。
生產企業壹般納稅人出口40萬元，只有25萬元的進項票。如果您想要直接申請退稅，根據中國的增值稅政策，您可以申請退回25萬元的那部分稅款。但是，您需要考慮15萬元沒有進項發票的部分。
對於15萬元沒有進項發票的部分，首先需要確認這部分的銷售額是否適用增值稅優惠政策。在某些情況下，如果出口貨物屬於免稅或減稅的產品，那麽這部分銷售額可能不需要繳納增值稅。然而，如果這部分銷售額不符合增值稅優惠政策，那麽您可能需要為這部分銷售額繳納增值稅。
如果您沒有足夠的進項發票來抵扣這部分銷售額的增值稅，您可能需要根據適用的稅收政策支付相應的附加稅。附加稅通常包括城市維護建設稅、教育費附加和地方教育附加等。具體的稅收政策可能因地區而異，建議您咨詢當地稅務局了解具體規定。
總之，對於15萬元沒有進項發票的部分，您需要根據適用的稅收政策繳納相應的增值稅和附加稅。在此過程中，請務必確保了解並遵循相關稅收法規，以免產生額外的法律風險和經濟損失。