1，層級上：省稅務局是市稅務局的上級領導機關，像省政府領導市政府壹樣。
2，業務上：辦企業要到企業工商登記所在地的稅務機關辦理，壹般是鎮壹級的稅務分局或稅務所。以個體工商戶為例，壹般從事商業銷售、工業生產加工的，國、地稅都要辦，以國稅為主營，開增值稅發票；從事飲食、娛樂、服務等就只辦地稅，以地稅為主營，開具地稅發票。
3，領導管理體制也不同：
（1）國家稅務局系統實行國家稅務總局垂直管理的領導體制，在機構、編制、經費、領導幹部的職務審批等方面按照下管壹級的原則，實行垂直管理；
（2）省級地稅局受省級人民政府和國家稅務總局雙重領導，省級以下地稅系統由省級地稅機關垂直領導，地方稅務系統的管理體制、機構設置、人員編制按地方人民政府組織法的規定辦理。
4，國稅局和地稅局負責征收的稅種不同：
（1）國稅局系統負責征收和管理的項目有：增值稅、消費稅（其中進口環節的增值稅、消費稅由海關代征），車輛購置稅，鐵道部門、各銀行總行、各保險總公司集中繳納的營業稅、企業所得稅和城市維護建設稅.
（2）從2009年起，以下新增企業的企業所得稅由國稅局征收：應當繳納增值稅的企業、企業所得稅全額為中央收入的企業，在國家稅務局繳納營業稅的企業、銀行（信用社）、保險公司，外商投資企業和外國企業常駐代表機構，在中國境內設立機構、場所的其他非居民企業。
（3）地稅局系統負責征收和管理的稅收有：營業稅、企業所得稅、個人所得稅、資源稅、印花稅和城市維護建設稅（不包括上述由國稅局負責征收管理的部分）、房產稅、城鎮土地使用稅、耕地占用稅、契稅、土地增值稅、車船稅、煙葉稅。
擴展資料：
國家稅務局主要職責：
1，具體起草稅收法律法規草案及實施細則並提出稅收政策建議，與財政部***同上報和下發，制訂貫徹落實的措施。負責對稅收法律法規執行過程中的征管和壹般性稅政問題進行解釋，事後向財政部備案。
2，承擔組織實施中央稅、***享稅及法律法規規定的基金（費）的征收管理責任，力爭稅款應收盡收。
3，並提出運用稅收手段進行宏觀調控的建議。
4，負責組織實施稅收征收管理體制改革，起草稅收征收管理法律法規草案並制定實施細則，制定和監督執行稅收業務、征收管理的規章制度，監督檢查稅收法律法規、政策的貫徹執行，指導和監督地方稅務工作。
5，負責規劃和組織實施納稅服務體系建設，制定納稅服務管理制度，規範納稅服務行為，制定和監督執行納稅人權益保障制度，保護納稅人合法權益，履行提供便捷、優質、高效納稅服務的義務，組織實施稅收宣傳，擬訂註冊稅務師管理政策並監督實施。
6，組織實施對納稅人進行分類管理和專業化服務，組織實施對大型企業的納稅服務和稅源管理。
7，負責編報稅收收入中長期規劃和年度計劃，開展稅源調查，加強稅收收入的分析預測，組織辦理稅收減免等具體事項。
8，負責制定稅收管理信息化制度，擬訂稅收管理信息化建設中長期規劃，組織實施金稅工程建設。
9，開展稅收領域的國際交流與合作，參加國家（地區）間稅收關系談判，草簽和執行有關的協議、協定。
10，辦理進出口商品的稅收及出口退稅業務。
11，對全國國稅系統實行垂直管理，協同省級人民政府對省級地方稅務局實行雙重領導，對省級地方稅務局局長任免提出意見。
12，承辦國務院交辦的其他事項。