條約簽字以後，清政府按期給列強賠款。但到1904年以後，銀價下跌，而庚子賠款是按銀價算的，於是，列國在1905年7月2日，強迫清政府將庚子賠款改為金貨債務，並將已經用銀償付的賠款按金價折算，補償了約8000000兩。
這筆巨款還款方法大約有以下三種形式:
1.債券:由清政府發出五種債券,按分攤數額交給各國收執,並以關稅、鹽稅和常關稅作為擔保。帝國主義遂將各通商口岸50裏內的常關稅也劃歸外國人管理的海關稅務司管理。
2.額外款:"鎊虧借款"。《辛醜條約》規定,賠款數目雖按銀兩計算,因帝國主義國家的貨幣用金,還須按照白銀市價折合為金幣,這樣虧損很大,這種虧損稱為"鎊虧"(以英國貨幣金鎊為代表)。清政府為籌付這筆額外支出,1905年4月又向匯豐銀行訂借英金壹百萬鎊,借款利息五厘,期限20年。
3.庚款辦學:是以美國為代表的帝國主義國家利用"庚子賠款"對中國進行精神、文化侵略的重要活動之壹。在中國從事傳教、經商30余年的史密斯,曾於1906年向美國總統建議"退還庚款"來培植中國學生。1907年美國國會通過了用"退還庚款"來教育中國學生的提案,1909年付諸實施。從1923年起英、法、意、比、荷各帝國主義國家也競相效仿,用此款辦起了大、中、小學,甚至幼兒園。
這筆巨款到底還完了沒有?
沒有還完,主要原因有:
1.壹戰影響:第壹次世界大戰期間,中國加入協約國參戰,作為戰勝國,停止對戰敗的德、奧賠款支付;十月革命勝利後,俄國部分的庚款余額,蘇俄亦在1920年宣布放棄;美、英、日、荷四國部分的庚款余額則改訂償付辦法。
2.抗日戰爭影響:1937年7月7日,抗日戰爭全面爆發。中國停止對日賠款。隨著日本侵略中國的加劇,英美等帝國主義國家與日本在中國的既得利益沖突尖銳化,中國也無力賠款。於是英、美等國於1938年紛紛停止"庚子賠款"。至此,中國***賠款白銀已近6.532億兩,折合銀元近10億元。