壹、應納稅所得額的計算
事業單位員工的應納稅所得額是其工資、薪金所得減去費用扣除標準後的余額。這裏的工資、薪金所得包括基本工資、津貼、補貼、獎金、年終加薪、勞動分紅、加班費以及其他與任職或者受雇有關的所得。費用扣除標準根據稅法規定，每年會有所調整。
二、各項扣除項目的確定
在計算應納稅所得額時，事業單位員工可以享受壹些扣除項目，以減少應納稅額。這些扣除項目包括子女教育、繼續教育、大病醫療、住房貸款利息、住房租金以及贍養老人等專項附加扣除。員工需要根據自己的實際情況，按照稅法規定提供相關的證明文件，並在申報時進行扣除。
三、稅率的適用
事業單位個人所得稅的稅率根據應納稅所得額的不同而有所差異。根據《中華人民***和國個人所得稅法》的規定，個人所得稅采用累進稅率制度，稅率從3%到45%不等。應納稅所得額越高，適用的稅率也越高。
事業單位員工在申報個人所得稅時，需要按照稅法規定填寫相關的申報表格，並提供必要的證明文件。稅務部門會根據申報信息進行審核，並計算應繳納的稅款。
綜上所述：
事業單位個人所得稅的扣除是根據國家稅收法律法規進行的，包括應納稅所得額的計算、各項扣除項目的確定以及稅率的適用等方面。員工需要了解稅法規定，按照要求申報個人所得稅，並享受合法的扣除項目，以減輕稅收負擔。
法律依據：
《中華人民***和國個人所得稅法》
第六條規定：
應納稅所得額的計算：
（壹）居民個人的綜合所得，以每壹納稅年度的收入額減除費用六萬元以及專項扣除、專項附加扣除和依法確定的其他扣除後的余額，為應納稅所得額。
（二）非居民個人的工資、薪金所得，以每月收入額減除費用五千元後的余額為應納稅所得額；勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得，以每次收入額為應納稅所得額。
（三）經營所得，以每壹納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失後的余額，為應納稅所得額。
（四）財產租賃所得，每次收入不超過四千元的，減除費用八百元；四千元以上的，減除百分之二十的費用，其余額為應納稅所得額。
（五）財產轉讓所得，以轉讓財產的收入額減除財產原值和合理費用後的余額，為應納稅所得額。
（六）利息、股息、紅利所得和偶然所得，以每次收入額為應納稅所得額。
《中華人民***和國個人所得稅法實施條例》
第二十五條規定：
取得綜合所得需要辦理匯算清繳的情形包括：
（壹）從兩處以上取得綜合所得，且綜合所得年收入額減除專項扣除的余額超過6萬元；
（二）取得勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得中壹項或者多項所得，且綜合所得年收入額減除專項扣除的余額超過6萬元；
（三）納稅年度內預繳稅額低於應納稅額；
（四）納稅人申請退稅。