二是與財務規則相協調的原則。《財務細則》在保持現行事業單位財務管理體制和財務制度框架基本不變的前提下，主要針對部門預算、國庫集中收付、政府采購、非稅收入管理等各項財政改革，修訂了相應內容。會計制度修訂的基本思路和取向與財務規則修訂是壹致的，即在保持現行事業單位會計基礎和基本核算模式的前提下，重點適應財務改革，解決會計實務中存在的突出問題。修訂後的《會計制度》在適用範圍、會計核算的基本定位、收支科目的分類、資產和負債的確認和計量等方面與《財務規則》基本壹致。
三是服務金融科學化精細化管理原則。事業單位會計制度是科學精細化財務管理的基本制度之壹。更好地服務於財務的科學化、精細化管理，是重要原則之壹。修訂後的會計制度要求事業單位區分財政補貼和非財政補貼，分別核算和反映其收入、支出、結轉和結余，進壹步規範非財政補貼的分配，要求所有收入和支出按照政府收支分類進行明細核算，並在財務報表的構成中增加“財政補貼收支表”，從而提供更加詳細、科學的會計信息，將在財政預算管理和單位財務管理中發揮更好的基礎作用。
四是提高事業單位會計信息質量的原則。這次會計制度修訂，重點解決了事業單位會計實務中存在的突出問題。針對未計提折舊、基建脫離大賬、捐贈調撥資產未入賬、財政投資資金核算不清、部分重要業務核算不規範、會計科目體系滯後、會計報表結構不合理等問題，在會計制度中引入了相關改革措施和改進辦法，將極大促進事業單位會計水平和會計信息質量的提高。