(1)納稅人收到《稅控收款機使用通知書》後，應在15日內，持《稅務行政許可申請表》、《營業執照或其他執業證書原件及復印件》、《稅控收款機用戶登記表》、《稅控收款機用戶最高開票限額審批表》等材料，辦理稅控收款機安裝使用審批手續。
(2)稅控收款機售出後，售後服務單位應在5日內向納稅人提供操作培訓，並負責機器的安裝調試，在《稅控收款機用戶登記表》中填寫相關內容。當壹臺機器有多個用戶時，也應該註冊子用戶。機器安裝人員在填寫登記表時，應仔細核對“機器號”和“用戶卡號”，確保填寫正確。
3.重新審核發票，確認稅控收款機用戶的最高開票限額。
使用稅控收款機的納稅人必須查驗發票種類，使用稅控發票。稅務機關同時審批稅控收款機用戶的最高開票限額(單次開票限額、累計退稅限額、累計發票限額)和數據報送方式、數據報送類型、數據報送周期、數據報送有效期。因此，需要對稅控收款機用戶的最高開票限額進行審批(最高開票限額的首次審批與發票審批同時進行，以後如需變更，另行申請審批)。
(1)發票審批管理:
(1)納稅人到主管地方稅務機關辦稅服務廳綜合服務窗口，填寫《普通發票簿申請審批表》，新辦理稅務登記的納稅人，應先辦理稅務登記和發票行政審批事項。
②辦稅服務廳綜合服務崗將納稅人提交的上述資料傳遞給稅源管理部門進行審核。
(3)稅源管理部門審核後，對符合條件的，送交發票管理員崗位審核。
(4)發票票管理員崗位審核，移交主管總監審批。
(5)主管主任審批。
⑥辦稅服務廳發票發售和作廢崗將錄入已審核的發票名稱、類型、購票數量、購票方式等。進入征管信息系統，打印發放普通發票領購簿，登記普通發票領購簿號碼。
(2)稅控收款機用戶最大計費限額的確認和管理
(1)納稅人向主管地方稅務機關辦稅服務廳綜合服務窗口提出申請，填寫《稅控收款機用戶最高開票限額審批表》，同時出示相關業務證明材料:
②辦稅服務廳綜合服務崗將納稅人提交的上述資料傳遞給稅源管理部門進行審核。
(3)稅源管理部門審核後，對符合條件的，送交發票管理員崗位審核。
(4)發票票控制員崗位審核，移交給分管主任審核。
(5)分管主任審核並簽署意見，送市局相關業務部門審批。
⑥市局相關業務部門進行審批。
⑦稅源管理部將審批結果送達納稅人。
發票金額限額的設定應根據以下原則確定:
月累計發票限額≤單張發票最高限額×發票最高持有量(份)
退款累計金額限額小於等於發票累計金額限額的30%。
由於財政紙質發票沒有版本限制，財政發票的發票金額限額設置功能等同於原手工發票版本。設置原則應充分考慮納稅人的發票需求。根據當地情況，可在20萬元至30萬元的範圍內確定單張發票的最高限額，但應嚴格控制發票的最高份數，科學合理地確定發票的累計限額:
對於定期定額采集員，開票累計限額按照“當前月核定定額×150%”確定；
征稅人應按照納稅人上壹年度月平均營業額或上月營業額的150%確定。新登記的戶數，由主管地方稅務機關調查計算，在規定的幅度內確定。
4.納稅人辦理上述事項後進行登記，稅務機關實施稅控初始化。
(1)納稅人辦理上述事項後，應攜帶稅務登記證(副本)，填寫《稅控收款機用戶登記表》、《稅控收款機用戶最高開票限額核定表》和《普通發票領購簿申請表》，購買的稅控收款機用戶卡和稅控卡，以及稅務機關要求的其他資料(如取票發票)
(2)稅務機關稅控收款機登記管理崗(發票管理員崗)收到納稅人上述信息後，進行審核。信息不全、項目不全、“機號”和“用戶卡”填寫有誤的，退回納稅人進行補充更正；審核無誤的，在稅控收款機管理系統中登記錄入相關信息，通過寫入稅控卡和用戶卡的初始化信息，完成稅控收款機的初始化操作。
軟件操作:在稅控收款機管理系統中，稅控收款機登記管理崗(發票管理員崗)進入用戶登記菜單，輸入納稅人識別號，與征管信息系統數據連接後自動調出被引導人的稅務登記信息、稅務登記信息、票種驗證信息，手動記錄其他信息(包括最高開票限額、稅控機稅控卡、用戶卡信息、子用戶信息)。在實現與征管信息系統的數據連接之前，以上信息都需要手工錄入。所有信息錄入完畢後，初始化信息寫入卡內，系統會將相關信息(包括稅務登記信息、稅目信息、發票審批信息、稅控收款機稅控卡信息、用戶卡信息、子用戶信息)寫入稅控卡和用戶卡。
納稅人完成初始化操作後，應繼續辦理購票手續。
5、稅控收款機購買成本抵扣管理
納稅人購買稅控收款機後，應於購買次月到主管地方稅務機關辦稅服務廳綜合服務窗口領取，並填寫《稅控收款機購買費用抵扣審批表》(表5)，按規定申請稅控收款機購買費用抵扣優惠。
(1)用戶申請購買稅控收款機增值稅抵扣。
(壹)購買稅控收款機的營業稅納稅人，經主管地方稅務機關審核批準後，可以使用購買稅控收款機取得的增值稅專用發票，按照發票上註明的增值稅稅額抵扣當期應繳納的營業稅，或者使用購買稅控收款機取得的普通發票上註明的價格，按照下列公式計算稅額:
可抵扣稅額=[價格÷(1+17%)]×17%。
當期應納稅額不足抵扣的，未抵扣的部分可以在下期繼續抵扣。
(2)稅收管理員通過計算，在征管信息系統中對每月因抵扣增值稅而減少的營業稅制作減免稅單據(定額減免)(主管局長批準)。
(2)用戶申請所得稅和費用扣除。
①定期戶購買稅控收款機的購買費用，允許在繳納個人所得稅前壹次性扣除，即購買費用直接從購買當月的個人所得稅應納稅所得額中扣除。當月不能完成扣款的，可以延期至扣款完成。
個人所得稅應納稅所得額的計算公式為:
個人所得稅應納稅所得額=核定營業額×行業應納稅所得額
稅率根據個人所得稅的應納稅所得額確定。
可抵扣稅額=價格×稅率
(2)對於每月扣除稅控機購置費減少的個人所得稅，稅收管理員通過計算，在征管信息系統中進行減免稅(定額減免)單據處理(分局審批)。
(3)對查賬征收人購置的稅控收款機，購置成本達到固定資產標準的，應按照固定資產管理，按規定提取的折舊額可在企業計算繳納所得稅前扣除；達不到固定資產標準的，購置費可以在所得稅前壹次性扣除。
(三)主管地方稅務機關根據稅控收款機購置費用抵扣申請審批結果，按月登記稅控收款機購置費用和增值稅扣稅分戶賬(表6)。