如果少征增值稅，多征營業稅，因為涉及兩個主管稅務機關，壹方的稅款入庫科目更正通知書無法更正另壹方稅款入庫科目的數字。所以需要從壹方稅種(多繳的稅種)申請退庫，然後對另壹方稅種(少繳的稅種)入庫。對於多繳的稅款，可以向主管稅務機關申請繳納(退還)多繳期間的銀行存款利息，對於少繳的稅款，應按規定繳納滯納金。
二是只涉及主管稅務機關管理的壹個稅種時。
，區分主管稅務機關是否使用征管信息系統進行處理。
(1)在主管稅務機關未使用稅收征管信息系統的情況下，
因為申報數據沒有錄入(導入)到系統中，所以可以替換申報單。納稅人可以征得主管稅務機關同意，退回納稅申報表，作廢已填開的完稅憑證，重新申請正確申報並填開正確的完稅憑證，主管稅務機關將視其為自己的錯稅，填開《稅務分錄科目更正通知書》送國庫更正。
(2)在主管稅務機關已使用稅收征管信息系統的前提下。
因為所有申報的數據都已經錄入(導入)到系統中，如果采用上述更正方法，征管信息系統中的相關數據就要被沖出來，程序比較麻煩。所以壹般需要采取歸還數據庫，重新存儲的方法。