稅收風險管理應遵循的基本原則如下：
1、全面、合法原則。企業內部控制中的`稅務風險管理，首先要基於法律文件、行業內的準則規範以及監管部門的監管要求，確保其合法性。若企業的制度設計違背了法律規定，那麽內部控制的運行將會失效，從而造成企業的不良發展，使其陷入困境。
2、制衡原則。企業內部控制中的稅務風險管理制度要求企業在業務流程、權限分配、機構設置和治理結構等方面形成相互牽制、相互監督的關系，同時企業還需要兼顧運營效率。企業內部控制中的監督檢查部門持續保持良好的獨立性是保證企業內部控制中稅務風險管理監督檢查公平和公正的前提。
3、牽制原則。是指在設計企業內部控制中的稅務風險管理體系時，任壹事項的完成都必須由相互制約的兩個或兩個以上的部門來完成。授權原則要求企業在基於稅務風險管理的基礎上，結合企業的具體操作規章手續，根據崗位的不同需求，賦予每個職工不同的工作任務和職責權限。
4、協調配合原則。企業內部控制中的稅務風險管理，需要運用協調配合原則。為了避免扯皮和脫節現象的發生，稅務風險控制活動必須與企業各部門密切配合，通過各方面協調同步的工作，從而降低企業內耗，確保企業運行的連續性和有效性。為了使企業稅務風險控制工作順利運行，其基礎是協調配合原則。
5、成本效益原則。成本效益原則是指企業在實行稅務風險管理過程中，要爭取低成本高收益的控制效果。企業為了保證在經營過程中收益大於其成本，體現稅務風險管理的價值，應在稅務風險內部控制過程中遵循成本效益原則。若企業實施稅務風險控制活動的花費大於其給企業帶來的收益，那麽該控制活動是不經濟的。
6、重點監控原則。對企業發揮作用大、影響範圍廣的關鍵點進行控制，即為企業的重點監控原則。企業在進行稅務風險內部控制時應對其投入大量精力，影響範圍廣的重要點進行把握，對影響程度有限的壹般控制點無須花費過多的時間精力去控制。