企業實際繳納的稅款需要區分具體情況:
1，開票人為壹般納稅人，稅率為6%。在這種情況下，發票上是有稅的，計算為3000/1.06 * 0.06 = 169.438+0元，但這個稅額叫做銷項稅額，最後要繳納的稅要從可抵扣的進項稅額中扣除。
2.開票方為小規模納稅人，全國為3%(不動產和個人購房為5%)。壹般在發票上寫明稅率(征收率)為3%，計算為3000/1.03*0.03=87.38元，小規模納稅人不能抵扣，87.38元是要繳納的稅款。
擴展數據
增值稅專用發票與普通發票的區別
1.發票的打印要求不同:
根據新征管法第二十二條的規定，增值稅專用發票由國務院主管稅務機關指定的企業印制；其他發票由省、自治區、直轄市國家稅務局、地方稅務局按照國務院主管部門的規定指定的企業印制。未經前款規定的稅務機關指定，不得印制發票。
2.發票中使用的實體是不同的:
增值稅專用發票壹般只能由增值稅壹般納稅人購買和使用。小規模納稅人需要使用的，經稅務機關批準後，由當地稅務機關開具。普通發票可供各類從事經營活動並辦理稅務登記的納稅人購用。未辦理稅務登記的納稅人也可以向稅務機關申請領購和使用普通發票。
3.發票的內容不同:
增值稅專用發票不僅包括購貨單位、銷售單位、貨物或者服務的名稱、貨物或者服務的數量和計量單位、單價和合價、開票單位、收款人和開票日期，還包括納稅人的稅務登記號、不含增值稅的金額、適用的稅率和應繳納的增值稅。
4.發票有不同的序列號:
增值稅專用發票壹式四份、七份。第壹聯為存根聯(留存備查)，第二聯為發票聯(買方記賬用)，第三聯為抵扣聯(買方扣稅憑證用)，第四聯為記賬聯(賣方記賬用)，第七聯其他三聯為備份聯，分別用於企業出卡、檢驗、倉庫留存。普通發票只有壹式三聯，第壹聯存根，第二聯發票，第三聯記賬。
百度百科-發票開具