對於應扣未扣個人所得稅的情形，向納稅人追繳稅款，對扣繳義務人處罰以50%到3倍的罰款，對扣繳義務人不加收滯納金等規定，實務中基本上沒爭議，但對納稅人應不應該加收滯納金還是有爭議。
對納稅人不應加收滯納金，文件規定得很明確：
1、《稅收征收管理法》第六十九條：扣繳義務人應扣未扣稅款的，由稅務機關向納稅人追繳稅款，對扣繳義務人處應扣未扣稅款百分之五十以上三倍以下的罰款。
註意：這裏寫的是追繳稅款，而不是追繳稅款及滯納金，也沒有在追繳稅款後面緊接著寫上並從滯納之日起按日加收萬分之五的滯納金。
2、《國家稅務總局關於行政機關應扣未扣個人所得稅問題的批復》國稅函[2004]1199號
關於應扣未扣稅款是否加收滯納金的問題
按照《征管法》規定的原則，扣繳義務人應扣未扣稅款，無論適用修訂前還是修訂後的《征管法》，均不得向納稅人或扣繳義務人加收滯納金。
這個文件應該是說得很清楚了：無論按新征管法還是舊征管法，也無論對納稅人還是扣繳義務人，都不得加收滯納金。
但有人卻不這麽認為，他們有各種各樣的理由：
1、國稅函文件效力低於征管法，無效。
2、1199號文是個案批復文件，不具有普遍適用性。
3、1199號文說的是行政機關，其他納稅人不能適用。
4、扣繳義務人未代扣代繳，納稅人有自行申報繳納的義務，未按時申報繳納，從滯納稅款之日起應該加收滯納金。
這些理由都不成其為理由：
1、國稅函文件與征管法效力問題。法律文件效力有層級性是不錯，但下級文件與上級文件內容上沒有沖突的話，不存在較低級別文件無效。在應扣未扣個稅是否加收滯納金方面，征管法並沒有要加收滯納金的意思表述，如果有，1199號文違背了征管法規定無效，但征管法沒有說。
2、個案批復不具有普遍適用性問題，這個問題在很多業務問題討論時都存在。我對持這種觀點的人簡直無話可說，個案批復同類問題都不能適用，意思就是說同類問題壹個壹個都要去請示，總局壹個壹個都要發個文件，這豈不荒唐？1199號文是對廣西的答復，那麽其他省對這個問題也要去請示壹下，總局也要給個文件答復？
3、1199號文說的是行政機關，其他納稅人不能適用。
4、扣繳義務人未代扣代繳，納稅人有自行申報繳納的義務，未按時申報繳納，從滯納稅款之日起應該加收滯納金。這觀點從根本上否定了1199號文，無須辨駁。
擴展閱讀：1199號文全文是這樣的：
《國家稅務總局關於行政機關應扣未扣個人所得稅問題的批復》國稅函[2004]1199號
妳局《關於行政機關應扣未扣個人所得稅法律責任問題的請示》（桂地稅報[2004]45號）收悉，經研究，現批復如下：
壹、關於個人所得稅扣繳義務人的認定問題
根據《中華人民***和國個人所得稅法》（以下簡稱《個人所得稅法》）第八條規定，行政機關是個人所得稅的扣繳義務人，其向職工支付工資、獎金、補貼及其他工資薪金性質的收入，應依法代扣代繳個人所得稅。
二、關於扣繳義務人應扣未扣稅款的法律責任問題
2001年5月1日前，對扣繳義務人應扣未扣稅款，適用修訂前的《中華人民***和國稅收征收管理法》（以下簡稱《征管法》），由扣繳義務人繳納應扣未扣稅款；2001年5月1日後，對扣繳義務人應扣未扣稅款，適用修訂後的《征管法》和《國家稅務總局關於貫徹〈中華人民***和國稅收征收管理法〉及其實施細則若幹具體問題的通知》（國稅發[2003]47號），由稅務機關責成扣繳義務人向納稅人追繳稅款，對扣繳義務人處應扣未扣稅款百分之五十以上三倍以下的罰款。
三、關於應扣未扣稅款是否加收滯納金的問題
按照《征管法》規定的原則，扣繳義務人應扣未扣稅款，無論適用修訂前還是修訂後的《征管法》，均不得向納稅人或扣繳義務人加收滯納金。
1199號文標題雖然是關於行政機關應扣未扣個人所得稅問題的批復，但文件內容通篇都是引用個人所得稅法、征管法的原文，文件中在在處處都是講的納稅人扣繳義務人，而沒有局限於行政機關。所以，我們不能過於糾結於標題而忽視內容。
另壹方面，本來可以普遍適用的文件只對某壹類納稅人適用，這在適用主體上有歧視。